Bioconductor

CRAN是R默认使用的R包仓库，install.packages()只能用于安装发布在CRAN上的包。此外还有几个软件包仓库，而Bioconductor是基因组数据分析相关的软件包仓库，需要用专门的命令进行安装。BiocManager::install()是最新版本的R和 Bioconductor安装Bioconductor 软件包的命令。如果R 的版本< 3.5.0，请使用以下命令安装Bioconductor：

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")      #安装核心软件包

BiocInstaller::biocLite("")      #安装特定的软件包

下面以最近版本的R和 Bioconductor为例：

install.packages("BiocManager")      

BiocManager::install("GEOquery")  #安装 GEOquery，用于下载GEO数据

安装好所需要的程序包后就可以用R进行数据的下载：

library(GEOquery)                    #加载GEOquery

BiocManager::install("GEOquery")  #安装GEOquery  下载GEO数据

library(GEOquery)                    #加载GEOquery

#  limma包是对基因芯片表达矩阵的分析，RNAseq需要用DESeq2。limma的核心函数是lmFit和eBayes， 前者是用于线性拟合，后者根据前者的拟合结果进行统计推断

BiocManager::install("limma")      #安装 edgeR时会同时安装limma   分析基因表达微阵列数据

library(limma)                      #加载limma

BiocManager::install("DESeq2")       #安装DESeq2  差异基因分析

library(DESeq2)                      #加载DESeq2

BiocManager::install("edgeR")    #安装edgeR  差异基因分析

library(edgeR)                      #加载edgeR