下载

直接在搜索引擎搜索 conda 清华，进入Anaconda | 镜像站使用帮助 | 清华大学开源软件镜像站 | Tsinghua…，找到Miniconda 安装包可以到https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ 下载。，点击下载页面，下载软件并安装。（miniconda是anaconda的轻量级替代，安装它就不用安装anaconda，miniconda的功能足够我们后续安装软件使用，不需要同时安装两个）

Miniconda2和Miniconda3都可以，但是推荐使用Miniconda2。

miniconda安装

bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh

miniconda配置镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

#清华源已挂
#添加官方源
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels msys2
conda config --add channels menpo
conda config --add channels peterjc123
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels pytorch
conda config --add channels r
conda config --set show_channel_urls yes 

将上述语句，一句一句运行在linux命令行上，即复制一句，按一下enter键，原则上没有任何提示即为设置成功； 配置信息保存在 ~/.condarc 里，cat ~/.condarc即可查看！

创建小环境

conda create -n MPMI

conda info -e
conda info --envs
conda env list
# 都是来查看已经存在小环境名的

激活及退出小环境

conda activate MPMI
conda deactivate
source deactivate

移除小环境

conda env remove --name bio-env

安装软件

conda install -y fastqc
conda install -n your_env_name [package] 

指定软件安装版本

 conda install numpy=1.11#即安装能模糊匹配到numpy版本为1.11
 conda install numpy==1.11#即精确安装numpy为1.11的版本

更新软件

conda update conda#更新conda
conda update bwa#更新bwa

卸载软件

conda remove samtools

查看已安装软件

conda list

来源：生信草堂