安装conda并用conda安装、卸载软件

安装conda

conda下载地址

• 复制链接，打开xshell，并登录
  下载conda

bio03@VM-0-10-ubuntu:~$ cd biosoft
bio03@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

• 按照指示，enter或者yes，出现大大段版权信息一直按enter
• 激活conda

bio03@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ source ~/.bashrc

添加镜像

# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

查看已安装软件、搜索、安装、卸载软件

(base) bio03@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda list
(base) bio03@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda search fastqc
(base) bio03@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda install fastqc -y
(base) bio03@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda remove fastqc -y

conda环境

当处理项目需要不同的软件版本时，为了避免安装的麻烦，可以创建分身，类似于手机分身，可以根据项目来安装相应版本的软件，在这个分身环境内完成项目。

查看conda环境

(base) bio03@VM-0-10-ubuntu:~$ conda info --envs

创建分身

名字叫rna-seq，在其中安装fastqc和trimmomatic，基于Python3

(base) bio03@VM-0-10-ubuntu:~$ conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

再次查看环境

(base) bio03@VM-0-10-ubuntu:~$ conda info --envs
# conda environments:
#
base                  *  /home/bio03/miniconda3
rna-seq                  /home/bio03/miniconda3/envs/rna-seq

激活新创建的环境分身

(base) bio03@VM-0-10-ubuntu:~$ conda activate rna-seq
(rna-seq) bio03@VM-0-10-ubuntu:~$ conda info --envs
# conda environments:
#
base                     /home/bio03/miniconda3
rna-seq               *  /home/bio03/miniconda3/envs/rna-seq

现在就可以使用新环境里的软件了

退出当前环境

(rna-seq) bio03@VM-0-10-ubuntu:~$ conda deactivate