Powermarker:
生态类群间遗传距离与聚类分析
powermarker计算方法如下：
1. 数据整理时要指定材料所属类群（必须有group列），文件导入软件的第二步，要指定level-1，与level-2属性，例如：
line group tt324 tt24 tt665
1 1 243/243 261/261 306/306
2 2 260/260 276/276 306/306
3 1 260/260 261/261 306/306
4 3 243/243 276/276 306/306
5 4 260/260 291/291 306/306
2.数据导入成功后，点击窗口顶部“Analysis”，在phylogene后拉框中选择compute frequence,在弹出的对话框中点击数据文件名（比如为：”*”）后，注意选择右侧相应的计算水平level-2，点击submit.
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点击窗口顶部“Analysis”，在Phylogene后拉框中选择“Frequence Based Distance”,在弹出的对话框中点击数据文件名（）后，注意选择右侧距离计算方法，注意选择右侧相应的计算水平level-2，最后点击submit，此时distance文件夹里会出现“.share allele”的类群间距离表。
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点击窗口顶部“Analysis”，在phylogene后拉框中选择“UPGMA/ NJ tree”,在弹出的对话框中点击数据文件名“*.share allele”后，注意选择右侧聚类模型，最后点击submit。
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点击窗口顶部“Data”,选择Batch export, 弹出的对话框中点击以NJ或upgma结尾的数据文件名，选择输出文件保存路径，再点击submit.
6.用Figtree软件打开输出树形图文件进行编辑，即可得到类群间聚类图，
具体操作说明：
Related Software：Powermarker V3.25；Figtree
1. 右击”dataset”后, 左击弹出的“import”，左击“Browse”选择数据文件所在文件夹。
2.Column Delimeters（列定义项）选项里选中“Tab”，点击“next”。
3.Column列中line和group的类型改为“categorical”,操作方法为左击line后，左击Categorical, 左击group后，左击Categorical. 注意右侧Hierarchy框中，level-1下拉框选择“line”，level-2下拉框选择“group”，点击“next”及随后的“finish”至数据录入成功。
4.点击窗口顶部“Analysis”，在phylogene后拉框中选择compute frequence,在弹出的对话框中点击数据文件名“169clDiliPowerMarker”后，注意选择右侧相应的计算水平level-1，点击submit.
5. 点击窗口顶部“Analysis”，在Phylogene后拉框中选择“Frequence Based Distance”,在弹出的对话框中点击数据文件名“169clDiliPowerMarker.frequency”后，注意选择右侧距离计算方法，最后点击submit。
6. 点击窗口顶部“Analysis”，在phylogene后拉框中选择“UPGMA/ NJ tree”,在弹出的对话框中点击数据文件名“169clDiliPowerMarker.frequency.share allele”后，注意选择右侧聚类模型，最后点击submit。
7. 点击窗口顶部“Data”,选择Batch export, 弹出的对话框中点击以NJ或upgma结尾的数据文件名，选择输出文件保存路径，再点击submit.
8.用Figtree软件打开输出树形图文件进行编辑。
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