gromacs续跑

作者: 昌南何许人 | 来源:发表于2019-01-24 10:39 被阅读23次

跑模拟总要遇到续跑的问题,因为经常会由于网络或服务器的原因导致模拟中断。gromacs中续跑的指令是 mdrun -s *.tpr -cpi

有时也会因为初始设定的模拟时间不够长,想延长模拟时间。这时候用到的指令是tpbconv,以改变.tpr里设定的模拟时间。再用mdrun -s *.tpr -cpi续跑。

这里提供一个新的思路。先在初始的.mdp文件里更改模拟时间nsteps,用grompp重新生成.tpr文件,再用新生成的.tpr文件mdrun -s *.tpr -cpi续跑。亲测有效。

相关文章

  • gromacs续跑

    跑模拟总要遇到续跑的问题,因为经常会由于网络或服务器的原因导致模拟中断。gromacs中续跑的指令是 mdrun ...

  • GROMACS-20190227

    最近在学习分子动力学,先从GROMACS开始。 GROMACS中的一些重要文件 1:Molecular Topol...

  • #MD#模拟教程:gromacs中构建膜蛋白

    相信很多用gromacs的人都看了李老师组织翻译的gromacs中文教程,里面有膜蛋白的搭建,但是用那种方法搭建非...

  • 2019-06-30

    分子动力学模拟GROMACS初级培训班 GROMACS是一款功能强大的分子动力学计算软件,开源免费,可扩展性强,计...

  • CHARMM36m

    http://mackerell.umaryland.edu/charmm_ff.shtml#gromacs CH...

  • 科研软件安装

    服务器软件的安装,现有: cuda hoomd gromacs TBD: vmd,galamost,anacond...

  • 用Gromacs对蛋白与小分子进行模拟

    本文主要参考Gromacs官方的教程[http://www.mdtutorials.com/gmx/complex...

  • GROMACS多糖模拟简单示例

    ◆本文地址:http://jerkwin.github.io/2017/04/10/GROMACS多糖模拟简单示例...

  • AMBER轨迹转换为GROMACS轨迹

    可以利用amber的cpptraj 转换成gromacs trr文件 cpptraj -p myparm.parm...

  • 2019-03-12

    乌班图系统下的gromacs安装 来源:https://blog.csdn.net/qq_39115088/art...

网友评论

    本文标题:gromacs续跑

    本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/brqyjqtx.html