Monocle2: clusterCells()

Monocle2 中进行 clustering 的函数

clusterCells() 函数依赖 reduceDimension() 中的最终降维数据进行

clusterCells(cds=, num_clusters=, method=)

• num_clusters=: 结果中的聚类数目；结果中的数目为 此数字减一

• method=: "densityPeak"/"louvain"/"DDRTree"; 默认是 "densityPeak"

Clustering 结果可以通过 pData(Monocle2_object) 方式查看

展示降维和聚类结果：plot_cell_clusters(cds, color_by=)