最近在安装SNPhylo软件的过程中，本人踩了好多坑，最终经过不断查阅资料和实践，终于将SNPhylo软件安装好了。现在整理步骤如下：
1.创建安装环境
Python 2.7 R4.0.2
注意：Snphylo的python环境需要2.7，因为其脚本语言一部分是用python2写的，如果是python3，其在运行会报错，R需要版本为4.0以后，因为随着R版本的更新，R包也会更新（本人在这一部分吃到很多亏）
2.利用conda安装R4.0版本
因为conda目前安装r-base最新版本是3.6.2，我在这一步安装其他R依赖包会出现 had non-zero exit status 错误，经过查阅资料，发现这个问题的解决方法是要安装R4.0以后的版本，coda安装4.0版本的方法：
conda create --name r4-base
conda activate r4-base
conda install -c conda-forge r-base
conda activate r4-base
此时输入R，则可以看到此时R版本为最新版本
安装最新版本R
3.安装SNPhylo脚本所依赖的R包
注意（最新版本安装这些R包不是用以前的安装方式:install.packages(" ")，而是用一个工具BiocManager，该软件安装说明网址：https://bioconductor.org/install/
安装代码
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install()
BiocManager::install(c("getopt", "gdsfmt","SNPRelate","ape","phangorn"))#安装SNPhylo软件依赖的R包
安装完毕之后，进入该软件目录，执行bash命令，该软件会进入安装向导，如果软件环境全部装好，按确认即可
sh setup.sh
或者自己在snphylo.cfg 文件填写自己安装软件的路径
安装向导完成后生成的配置文件
4.运行其示例文件即可得到结果
运行过程1
运行过程2
从运行结果
结果文件
以上就是安装SNPhylo软件的基本过程，为了防止遗忘，故整理资料记录下安装过程，以供大家参考。
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