大脑的定型空间结构既漂亮又与它的功能有根本关系，从大体形态延伸到单个神经元的类型，其中躯体的位置、树突结构和轴突投射决定了它们在功能回路中的角色。我们对组成大脑的细胞类型的理解正在迅速加快，特别是受到单细胞转录组学的最新进展的推动。然而，了解大脑功能、发育和疾病需要将分子细胞类型与形态、生理和行为相关联系起来。新兴的空间解析转录组学方法有望通过定位组织中分子定义的细胞类型，同时检测形态、活性或连通性来填补这一空白。在这里，我们回顾了空间转录方法的要求，以实现这些目标，考虑未来的挑战，并描述了前景广阔的应用。
在健康和疾病组织中转录组细胞类型的空间定位。(A)单细胞转录组分析涉及组织解离、单细胞分离和RNA-seq，以产生细胞类型的分子分类。不同的组合基因板可以被识别出来，足以区分不同的类型。基于这些基因面板的多路RNA smFISH可用于绘制转录组细胞类型的空间位置和比例。(B)空间分布表型可能与人类疾病有关。
多路RNA smFISH应用于研究细胞表型与转录组细胞类型的对应关系。在体外或体内试验后，通过使用空间转录组进行事后分析，可以识别转录组细胞类型的形态、生理、连接和功能特性。
空间分辨转录组学通过多轮探测、成像和剥离来实现高水平的多路复用。在添加smFISH中，在每一轮中使用少量的光谱分辨探针。seqFISH使用时间条形码，其中所有周期的信号组合是针对每个目标的。MERFISH使用错误修正的条形码来减少正负假信号的影响。原位测序使用挂锁探针靶向特定mrna，在原位合成cDNA并进行滚圈扩增，然后通过结扎进行测序。FISSEQ使用了类似的原理，但是以一种无偏见的方式对RNA进行反向转录。
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