samtools view GPR210305-17-VI.Hisat_aln.sorted.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > output.fasta
samtools view GPR210305-17-VI.Hisat_aln.sorted.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > output.fasta
NGS文件格式 FASTQ FASTA SAM格式 FLAG标识 BAM格式
1.从bam文件中提取未比对上的reads到新bam文件 samtools view -bf 4 IP_988_1...
1. 将fasta中的header name替换为对应的fasta文件名 2. 提取fasta文件第一条序列信息 ...
N50统计脚本 N50_N90.pl 把bam文件转换成fasta文件 运行脚本
工具：seqtk 从fasta/fastq文件中提取子集 seqtk subseq head40.fq a.lis...
虽然高通量测序分析最常用的操作是将fastq比对到参考基因组得到BAM文件，但偶尔我们也需要提取BAM文件中特定区...
BRCA1基因为例 1 找到BRCA1在gtf文件中的坐标 2提取BRCA在各个bam文件的read信息 提取上述...
将gbk格式文件转换成fasta格式文件 将多个fasta序列中提取含有'Homo sapiens'的序列 请关注...
如题，目的是从fasta文件中批量提取特定的基因序列.实现办法有几种： perl脚本：CSDN博主「little^...
本文标题：从bam文件中提取fasta文件
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