生信log48|如何在MacOS中安装和运行Singularit

啊，因为网络问题无法在服务器中直接用Singularity拉取镜像了，因此在本地电脑中拉取。由于系统是MacOS, Singularity官方并没有提供Mac系统的安装包而是给出了另外一种使用SingularityCE的方法，在尝试过程中遇到困难，在此记录一下。

0. 平台版本和思路

• 平台和软件
  • MacOS
  • SingularityCE, ver. 4.1

这是官方文档上面记载的，在此截取MacOS使用SingularityCE的部分

• 思路
  • 在Mac中安装Linux虚拟机（lima，brew install lima）
  • 在Linux虚拟机中安装和运行SingularityCE

1. 配置文件准备和软件下载

虚拟机配置（官方）

• 注意点：挂载目录（mount）一定要加入writable否则拉取镜像后无法保存在本地（没有系统写入权限导致的）
• 👇下面是官方提供（挂载目录没有写writable）

# SingularityCE on Alma Linux 9
# 
# Usage:
#
#   $ limactl start ./singularity-ce.yml
#   $ limactl shell singularity-ce singularity run library://alpine

images:
- location: "https://repo.almalinux.org/almalinux/9/cloud/x86_64/images/AlmaLinux-9-GenericCloud-latest.x86_64.qcow2"
  arch: "x86_64"
- location: "https://repo.almalinux.org/almalinux/9/cloud/aarch64/images/AlmaLinux-9-GenericCloud-latest.aarch64.qcow2"
  arch: "aarch64"

mounts:
- location: "~"
- location: "/tmp/lima"

containerd:
  system: false
  user: false

provision:
- mode: system
  script: |
    #!/bin/bash
    set -eux -o pipefail
    dnf -y install --enablerepo=epel singularity-ce squashfs-tools-ng

probes:
- script: |
    #!/bin/bash
    set -eux -o pipefail
    if ! timeout 30s bash -c "until command -v singularity >/dev/null 2>&1; do sleep 3; done"; then
      echo >&2 "singularity is not installed yet"
      exit 1
    fi
  hint: See "/var/log/cloud-init-output.log" in the guest

message: |
  To run `singularity` inside your lima VM:
    $ limactl shell {{.Name}} singularity run library://alpine

导致的报错

• 无法保存文件（缺乏读写权限导致

读写错误

• 解决方案：在配置文件的mounts节点打开写入权限

解决方案

2. 运行SingularityCE

1. 启动虚拟机实例

根据配置文件启动（不需要加./代表当前目录否则启动失败）

limactl start singularity-ce.yml

• 进入虚拟机中进行操作

#启动一个叫singularity-ce的虚拟机实例
limactl shell singularity-ce

• 不进入虚拟机中操作

#在虚拟机外直接拉取镜像
limactl shell singularity-ce singularity pull cibersortx_fractions.sif docker://cibersortx/fractions:latest

关闭虚拟机

• 如果想根据新配置启动镜像，需要先把实例停止、删除后才能生效

#step 1 stop instance
limactl stop singularity-ce

#step 2 delete instance
limactl delete singularity-ce

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参考

官方文档

原文地址