pysam文档翻译

缘由：源于代码脱shell的需求，总是调用samtools非常麻烦，所以需要再对pysam文档认真阅读，找到替代方法。

p36：在python中使用samtools，给的例子是sort，这里我要用的是view，查看如下：

1

对比samtools：

1·

完全一样。

sort：

pysam

1

samtools

1

替换shell ，减少中间文件数量，直接保存为带头文件的bam，解决mate问题。

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mate，问题是会不会找到多个？多个怎么办。

meta相关测试：

1.写入

2.可能没有索引文件？

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