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节节麦基因组数据使用和下载

节节麦基因组数据使用和下载

作者: Neal_Bio | 来源:发表于2017-11-18 22:43 被阅读36次

    昨天Neal推送的Nature文章只提了第一作者信息(

    原文中此处为链接,暂不支持采集

    ),忘记提每篇文章的灵魂人物了,即通讯作者,Neal让我说声抱歉。通讯作者在一个project的地位是毋庸置疑的,本文通讯作者有三位,约翰霍普金斯大学医学院的Steven L. Salzberg,乔治亚大学的 Katrien M. Devos和加州大学戴维斯分校的Jan Dvořák。

    我们测基因组主要还是拿来用,所以后续工作必不可少,这里尽可能列出了这个版本基因组所能找到的数据,汇总在这里供大家下载。

    1、RNA_seq测序数据

    https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB23317

    2、Jbrowse

    http://aegilops.wheat.ucdavis.edu/jbrowse/index.html?data=Aet%2Fdata%2F&loc

    Jbrowse的用法我们前边介绍过不少,可以参考下面文章里的介绍。可以下载某一区间内的基因序列(区间长度要小于500kb),可以下载某一区间甚至整条染色体上的基因信息。

    原文中此处为链接,暂不支持采集


    原文中此处为链接,暂不支持采集


    3、参考基因组序列

    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore?term=CM008368:CM008374[PACC]

    4、基因组在线blast

    http://aegilops.wheat.ucdavis.edu/ATGSP/blast.php

    也可以在NCBI上进行blastn

    https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&PAGETYPE=BlastSearch&LINKLOC=blasthome

    这个方法我们以前介绍过了,可以参考这里(

    原文中此处为链接,暂不支持采集

    原文中此处为链接,暂不支持采集

    原文中此处为链接,暂不支持采集

    )。简单说一下,首先需要本次project号 PRJNA341983,将该号码填在如下图所示的地方(选择弹出的那条信息),注意红圈标出的地方。

    点击blast即可。

    5、基因组的基因注释信息(gff3)

    此文件也可以在jbrowse里下载,这里放在百度云上。

    链接: https://pan.baidu.com/s/1geOIf7t 密码: cc19

    6、转录本,CDS和蛋白序列下载。注意,序列根据其提供的gff3文件提取。

    链接: https://pan.baidu.com/s/1geOIf7t 密码: cc19

    7、基因功能注释

    没有找到官方的数据,给出节节麦与TGACv1版本基因的比对信息,这样就可以查看TGACv1的功能注释信息即可。基因数目较少的话也可以blastp。

    https://images.nature.com/original/nature-assets/nature/journal/vaop/ncurrent/extref/nature24486-s3.xlsx

    8、1762个抗病基因信息

    https://images.nature.com/original/nature-assets/nature/journal/vaop/ncurrent/extref/nature24486-s4.xlsx

    9、官方网站

    http://aegilops.wheat.ucdavis.edu/ATGSP/data.php

    10、SSR查询

    http://develop.omicsspeaks.com/ssrdb/db


    暂时就这些,欢迎小伙伴补充



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