美国大学协会（AAU）成立于1900年2月，一个由14个全国领先的博士授予院校在芝加哥大学举行的为期两天的会议中。
此会议的初心来自加利福尼亚大学校长Benjamin Ide Wheeler，他一直在提议组建类似AAU这样的组织，该组织的目的是考虑“与研究生学习有关的共同利益问题”。
在1900年前的四分之一世纪，美国的高等教育开始利用德国大学模式进行转型，该模式强调高级研究和实验室研究。从1876年约翰霍普金斯大学开始，美国大学将德国大学结构嫁接到美国大学模式上，在一个单一的院校中提供本科教育和高级研究生学习和研究。于是诞生了美国研究型大学。
但是美国的院校没有受到欧洲主要大学的认可。 美国学生纷纷涌向欧洲大学攻读研究生学位，而欧洲对美国学位的看法也不可恭维。
问题是，与欧洲不同，美国的高等教育是分散的，基本上不受管制; 文凭工厂激增，甚至不可靠的院校可以称自己为“大学”并授予博士学位。 例如，一些院校允许博士学位的考生在不入校的情况下开设课程，并在监考员的监督下在家进行考试。 缺乏标准和一致性正在损害美国大学的声誉。
因此，芝加哥，哈佛大学，哥伦比亚大学，约翰霍普金斯大学和加利福尼亚大学校长会议的召集人在他们邀请大会的邀请函中说，他们的目标是：
1.实现“学生成为不同美国大学高等学位候选人的条件更加统一，
2.“提高我们博士学位的国外认可”，以及
3.“提高我们自己较弱的制度标准”。
用历史学家罗杰盖格的话说：“AAU的创立是美国主要大学对欧洲大学的独立和平等的宣言，也是为了保证他们的产品价值能够应对国外和国内的竞争。"
关于AAU多年来在实现这些目标方面所起的作用，还有争论的余地，但毫无疑问，这些目标已经实现。 今天，美国的大学面临着新的问题，但其中大多数的AAU成员，被认为是世界上最好的大学。
毫不奇怪，鉴于其目标的性质，AAU的创始人规定，组织的成员资格只能根据业绩通过邀请。如今它仍然如此，邀请加入需要现任成员中四分之三的同意。
起初，AAU迅速发展。在最初的14所大学中，11所是私立院校，3所是公立大学。到1909年，又有八所公立大学加入进来，这使得该组织的组成成为一半公立，一半是私立的。
从1909年至今，AAU的发展缓慢但稳定，现在已经有62所大学，大约一半公立大学，一半是私立大学。其中包括1926年加拿大的两所大学：麦吉尔大学和多伦多大学。
AAU 大学的总数占全美四年制大学的2%，却有42%的博士学位由AAU大学授予，2016年获得的联邦研究经费高达233亿美金。下面是62所AAU成员大学清单：
公立大学
Georgia Institute of Technology (2010)
Indiana University (1909)
Iowa State University (1958)
Michigan State University (1964)
The Ohio State University (1916)
The Pennsylvania State University (1958)
Purdue University (1958)
Rutgers University – New Brunswick (1989)
Stony Brook University – The State University of New York (2001)
Texas A&M University (2001)
University at Buffalo – The State University of New York (1989)
The University of Arizona (1985)
University of California, Davis (1996)
University of California, Berkeley (1900)
University of California, Irvine (1996)
University of California, Los Angeles (1974)
University of California, San Diego (1982)
University of California, Santa Barbara (1995)
University of Colorado, Boulder (1966)
University of Florida (1985)
University of Illinois at Urbana-Champaign (1908)
The University of Iowa (1909)
The University of Kansas (1909)
University of Maryland at College Park (1969)
University of Michigan (1900)
University of Minnesota, Twin Cities (1908)
University of Missouri, Columbia (1908)
The University of North Carolina at Chapel Hill (1922)
University of Oregon (1969)
University of Pittsburgh (1974)
The University of Texas at Austin (1929)
University of Virginia (1904)
University of Washington (1950)
The University of Wisconsin – Madison (1900)
私立大学
Boston University (2012)
Brandeis University (1985)
Brown University (1933)
California Institute of Technology (1934)
Carnegie Mellon University (1982)
Case Western Reserve University (1969)
Columbia University (1900)
Cornell University (1900)
Duke University (1938)
Emory University (1995)
Harvard University (1900)
The Johns Hopkins University (1900)
Massachusetts Institute of Technology (1934)
New York University (1950)
Northwestern University (1917)
Princeton University (1900)
Rice University (1985)
Stanford University (1900)
Tulane University (1958)
The University of Chicago (1900)
University of Pennsylvania (1900)
University of Rochester (1941)
University of Southern California (1969)
Vanderbilt University (1950)
Washington University in St. Louis (1923)
Yale University (1900)
加拿大
McGill University (1926)
University of Toronto (1926)
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