Error in do.ply(i) : 
  task 7 failed - "cannot allocate vector of size 2.5 Gb"

你是否也遇到过这样的报错信息呢？这条报错信息的意思是R不能再获得2.5Gb的运行内存，也就是分配给R的内存不足。R在运行过程中将所有的数据都储存在RAM中，因此在操作大的数据集时会发生这样的报错。

遇到这些情况该如何解决？
本文提供了一些可能有用的方法，供大家参考。

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本文概要

+ 如何查看R的内存信息
+ 利用gc()清理R的缓存垃圾
+ linux系统下如何设置分配给R的内存

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1. 查看R的内存信息

方法一：

>system('grep MemTotal /proc/meminfo')
MemTotal:       65699540 kB

方法二：

> system('free -m')
              total        used        free      shared  buff/cache   available
Mem:          64159       16630       42839          26        4690       46905
Swap:         10191        9093        1098

2. gc()清理垃圾

gc()是R的清理缓存垃圾的命令，garbage collection，但是Stack Overflow上有些人说这个命令的用处不大，因为R在大部分时候会自动运行这个命令。在99%的时候都不需要人工去调用gc()函数，因为R一旦检测到没用的对象就会回收它，除非要人为告诉操作系统要回收内存资源。很多时候要与rm()配合使用，在删除了一些变量后再进行gc()释放内存。

3. ulimit设置内存

注意ulimit是基于bash的命令，需要在linux上操作。而Windows系统通常使用的是memory.limit()命令。ulimit的设置只是暂时的，在重启bash之后会恢复默认设置。可以用ulimit -a来查看所有的内存设置信息。

# 查看默认内存信息
$ ulimit -s 
8192
# 将堆栈内存限制提高到16megs
$ ulimit -s 16384 # enlarge stack limit to 16 megs
# 查看内存信息
$ R --slave -e 'Cstack_info()["size"]' 
    size 
15938355 
# 将CPU运行时间设置为10分钟，4G的虚拟内存
$ ulimit -t 600 -v 4000000

stack memory 即为堆栈内存
什么是堆栈内存？

ulimit其他的options：

-a     All current limits are reported
-c     The maximum size of core files created
-d     The maximum size of a process's data segment
-e     The maximum scheduling priority ("nice")
-f     The  maximum  size  of files written by the shell and its
       children
-i     The maximum number of pending signals
-l     The maximum size that may be locked into memory
-m     The maximum resident set size (has no effect on Linux)
-n     The maximum number of open file descriptors (most systems
       do not allow this value to be set)
-p     The pipe size in 512-byte blocks (this may not be set)
-q     The maximum number of bytes in POSIX message queues
-r     The maximum real-time scheduling priority
-s     The maximum stack size
-t     The maximum amount of cpu time in seconds
-u     The  maximum  number  of  processes available to a single
       user
-v     The maximum amount of virtual  memory  available  to  the
       shell

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有用的命令：

• object.size() 查看对象的占用大小

object.size(mat)
3821700056 bytes
# 364.4M

最后转需：

搬运了一个大神写的：关于R的内存管理
http://adv-r.had.co.nz/memory.html#memory
这篇介绍了R的一个向量占有多少内存，不同数据类型的内存占用有何不同，以及如何写代码使得内存得以监控和控制。

如果这些都无法帮助你解决问题，那么你可能需要一台更高级的服务器，或者用R语言以外的其他语言来解决问题。