一些面粉制造商在磨粉前会采用浸泡或软化谷物的方法，但是这样做也会产生严重的后果，因为浸泡后种子会收到发芽的信号，在胚芽与麦麸中触发一系列化学反应，原本休眠的酶会被激活，然后分解淀粉和蛋白质聚合体，释放被锁住的矿物质，为新生的植株提供发芽所需要的能量。这样磨出来的全谷物面粉即便仍然含有胚芽成分，但是非常容易腐败，而且营养成分早已消失殆尽。不过烘焙过程中，恰恰需要触发胚芽与麦麸之间的化学反应，这样酶才能够让淀粉团分解产生有甜味的单糖。面团里的水正是这些反应的关键所在。
一些烘焙师会采用预浸泡面粉的技巧就是源于这个底层逻辑。让酸面团培养基在预浸泡的面团上发挥作用，充足的糖，氨基酸和矿物质会让烤出来的面包成色更加喜人口味也变得酥脆美观。如果过多的麦麸破坏了面筋结构，面包的中心就不能储存足够气体，以至于非常硬。还有一种方法是通过筛网保留大颗粒的麦麸。等面包完形之后，再把这些麦麸碎片粘到面团表面。这样可以保留麦麸的颗粒感，面包的蓬松程度也会更好。
发酵除了在面包制作中是一个重要环节。酵母菌还会影响到各种植物。事实上它们经常停留在各种蔬菜水果的表皮。一旦有机会就会乘虚而入。人类就是长期在微生物的影响中生存。从进化角度来看，细菌的历史比人类生存史要漫长得多，而且在我们身体里存在的量也要比细胞多许多倍。某种意义上来说人体是细菌的天下，而我们只是这些细菌的共生体。值得庆幸的是人与细菌之间是相互需要的。事实上影响身心健康的细菌不到1%，所以过量使用抗生素，或者经常消毒的过度杀菌行为对人体反而是有害的。
科学已经发现现代文明破坏了许多肠道的生态环境，这对健康非常不利，所以人类也是历史上第一次有意识的补充体内的微生物。细胞培养复兴的工作得以重视。最自然的方法是建立有活性的食物观念。发酵技术正是基于这个理念被越来越多的重视。食材通过发酵转变不仅带来了更丰富的口味，更多的营养，更多的营养，也会带来许多乐趣。
真正的发酵师会把微生物当做他们的朋友。发酵是遵从了生物规律，并且利用这些规律产生能量的机理。这个过程不仅充满活力，本身也是一种生命活动。美国就有一个非常奇特的亚文化组织称为“发酵先锋组织”。这是一群研究微生物的志愿者。他们会食用没有用巴氏消毒法处理的牛奶或者奶酪，并且利用各种天然的培育方法来发酵食物和饮品。对他们来说发酵不仅是准备和储存食物的方法，也是人与细菌之间建立相互信赖和尊重的手段，在他们看来关于微观世界的讨论是十分重要的议题。
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