50%的分子机制研究中会涉及转录因子的调控，转录因子结合到靶基因的启动子区域调控基因的表达，是基因表达量改变最重要的调控方式。我们在研究circRNA, lncRNA, miRNA, m6A， mRNA等任何调控类分子时，其最终靶标都会选择mRNA。那么最佳的mRNA靶基因便是转录因子，我们希望预测circRNA等调控的转录因子，转录因子调控的靶基因。
预测转录因子靶标的方法无非以下三种：
1. 通过motif预测的，比如JASPAR网站，这种分析是基于motif预测，基于序列的特征预测，这只能说明，序列上可以结合，但并不意味着，实验情况下的组织或者细胞正在发生这样的结合过程。
2. 第二大类预测是基于chipseq的数据，比GTRD数据库
http://gtrd.biouml.org/，转录因子靶基因互相预测全网最全，没有之一对每一个转录因子捕获他们结合的DNA序列进行测序，定位，找到潜在的结合靶标， 这个方法的确可以找到实时结合的，可是，通常只对实验组进行chipseq，对照组是不是也结合呢？如果实验组、对照组同时结合，我们不认为这样的关系影响着细胞/组织疾病状态改变。
3. 第三种找靶标的方法是对转录因子进行过表达敲低，做RNAseq，可以找到差异表达的基因，这些基因我们可以认为是其潜在靶标，可问题是，差异基因可能是其直接间接靶标，毕竟基因上下游关系千丝万缕，不是线性的。
那么有没有一个比较好的方案可以解决呢，我们在前段时间讨论找某个分子的靶标时，研读了大量文献，结合我们项目经验发现，结合chipseq数据及RNAseq数据可以比较好的确定靶标。B站视频链接：https://www.bilibili.com/video/BV1iA411H7RU
那么这些数据从哪里找呢？
本期我们讨论转录因子找靶标，结合chipseq分析及RNAseq分析。
以下是视频录屏链接，有需要的老师可以观看。
B站 超清链接 ：
上：https://www.bilibili.com/video/BV1Ph411Q7X9
下：https://www.bilibili.com/video/BV1KV411v74p
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