conda软件安装

• apt-get 应用商城需要root权限。

• conda软件安装管理器（无需root）

• () ：运行括号内的命令。

• wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-4.5.11-Linux-x86_64.sh

• conda内的相关指令： 2018-10-24_212532.png
• 用conda 安装软件(bwa)： 2018-10-24_215616.png
• 安装完软件要用指令激活，否则软件(bwa)用不了。 2018-10-24_221530.png
• 激活步骤：source activate rna(rna中包含了bwa,故source activate rna 而不是bwa)： 2018-10-24_221723.png
• 用conda安装软件，先查找conda里有没有，有再下载： 2018-10-24_222726.png
• 用conda下载trimmomatic(含于rna,之前已激活rna,故无需再激活，便可使用）: 2018-10-24_223242.png
• 用conda下载cutadapt(含于rna,之前已激活rna,故无需再激活，便可使用）: 2018-10-24_224054.png

生物信息学的软件：
质控: 需要fastqc及multiqc trimmomatic, cutadapt,trim-galore
比对： star ，hisat2, bowtie2,tophat, bwa,subread
计数：htseq,bedtools, deeptools

• 用conda下载trim-galore（-y 就是表示yes) ： 2018-10-25_222410.png
• 使用conda 同时安装hisat2, bowtie2 ： 2018-10-25_222919.png
• 用conda 同时安装其他软件： 2018-10-25_223752.png
  2018-10-25_224851.png

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