bowtie的ASCII报错

在使用bowtie进行短序列比对时，有时会出现ASCII报错的问题

Saw ASCII character Saw ASCII character 18 but expected 33-based Phred qual.Saw ASCII character 
Saw ASCII character -89-122-68 but expected 33-based Phred qual. but expected 33-based Phred qual.
 but expected 33-based Phred qual.

这是因为bowtie不支持压缩文件的比对，所以需要先解压再进行比对,如果有多个文件，可以用逗号分开

bowtie -v 2 -k 1 --best --un unalign_file.fq -S -p 4 index_file_prefix --12 file1.fq,file2.fq,file3.fq alignment.sam

另外，bowtie还可以比对colorspace的文件
colorspace文件和fastq文件的区别就是他用1、2、3、4代替ATCG，但是现在大部分的测序结果都是fastq文件的，所以这种文件很少见了，一些介绍可以看
用 SHRiMP 来比对color space的数据