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使用幕布读文献GSE4107 -我的分析和3篇文章的区别

使用幕布读文献GSE4107 -我的分析和3篇文章的区别

作者: Seurat_Satija | 来源:发表于2021-01-31 16:47 被阅读0次

    第一篇 2015-GSE4107 OncoTargets and Therapy

    1. 差异基因选择标准

    文章选了p<0.05 我选择的p<0.01
    p值计算 文章方法是Benjamini–Hochberg。我选的limma包

    2 探针转换symbol

    文章探针转换symbol使用的平均值。我用的是随机去重

    3 富集分析方法

    文章富集分析用的david 我用的clusterprofiler
    文章选了上调下调分别富集,我是上调下调合在一起富集的。

    第二篇 2019-GSE4107 Cancer Control区别

    1.差异基因选择

    文章logFC 绝对值小于2 我选择的小于1

    2 探针转换symbol

    文章the significant expression value was taken as the gene expression value.我用的随机去重

    3 富集分析方法

    文章富集分析用的david 我用的clusterprofiler
    文章选了上调下调分别富集,我是上调下调合在一起富集的。

    第三篇 2011-GSE4107 PLoS ONE |GSEA分析

    1. 随机重复次数

    文章用的2000,The dataset was analyzed using GSEA, t-test, 2000 gene-set permutations.
    我可能会用默认值1000

    2.p值的选择

    文章用的nominal p-value,0.001, FDR,5%. The overlap coefficient was set to 0.5.
    我可能会用 0.01

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