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2022-09-24 ubuntu系统安装gatk

2022-09-24 ubuntu系统安装gatk

作者: 生信圈 | 来源:发表于2022-09-23 10:41 被阅读0次

1.下载包

https://github.com/broadinstitute/gatk/releases/

https://github.com/broadinstitute/gatk/releases/download/4.2.6.1/gatk-4.2.6.1.zip

2.解压包

unzip https://github.com/broadinstitute/gatk/releases/download/4.2.6.1/gatk-4.2.6.1.zip

3.写入系统，给bashrc加一行

export PATH=/home/XXX/soft/gatk-4.2.6.1:$PATH

4.测试运行

gatk -version

发现缺少java

报错

5.安装java

sudo apt install openjdk-17-jre-headless

6.再次运行gatk -version

安装成功

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