SnakeMake - 使用

snakemake主体是通过一个*.smk完成

相关命令：

--jobs         #设置并行的最大任务数目。
--config       #向snakemake传递参数（字典形式）
--configfile   #指定配置文件路径（可以支持多个）
--cores        #设置任务最多使用的核数
--resources    #设置任务最多使用的内存
--touch        #更新文件的时间戳（不会重新跑）
--force        #强制执行某一条
--forceall  #强制执行某条Rule及它的依赖。
--forcerun     #强制执行某条Rule，并更新后续依赖它的Rule。
--list      #展示smk脚本中所能获得的所有Rule
--dag       #生成整个流程的有向无环图，但不进行分析

--dag

生成流程逻辑框架图：
snakemake xxxx(流程本身的参数)  --dag  | dot -Tsvg > dag.svg 
#如果snakemake流程本身会打印输出内容，则需要单独处理如下：
snakemake xxxx(流程本身的参数)  --dag  >tmp.txt 
# 删除tmp.txt文档中流程自身打印的内容，然后生成图片
dot -Tsvg tmp.txt > dag.svg

--force, -f

重新运行第一条或指定的某条Rule

--forcerun, -R

强制执行snakefile，更新rule时，使用此命令。会同步更新后续的所有结果

--dry-run,

生成相关分析路径的shell脚本，但是不进行实际的执行。

--keep-going,

在某个任务失败后，继续运行其他的独立任务；

--cluster

针对集群投递到计算节点的参数设置；

```
--cluster "qsub -clear -cwd  -P P18Z11900N0299  -l num_proc={threads} -l vf={params.resources}  -binding linear:{threads}"
``` 

--restart-times

任务失败后，重投的次数

```
--restart-times 5 
```

--rerun-incomplete,

针对结果不完整的数据，重跑所有的rules；

--unlock

解锁被异常锁定的目录

--stats

记录任务的执行状态，输出到指定文件

--nocolor

不输出彩色的结果

--drmaa-log-dir

仅限使用 -drmaa 进行任务调度时有效。 指定shell的log（.e 和 .o）输出目录. 

rule内的函数

protected

```
在文件生成后，将文件权限改为 只读文件。 
```