1 任务投递 -- qsub
使用qsub -help
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常用参数
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-N: 定义投递的工作名
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-cwd:设置工作目录为当前目录
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-l: 指定作业所需要的资源,设定对可消耗资源的限制。如果不设置,则无限制。
LINUX系统可以设置的资源有cput, file, pcput, pmem, pvmem, vmem, walltime, arch, nodes, ncpus等;-
Cput指作业的所有进程使用cpu最长时间;
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File指作业可以建立单个文件大小的最大限制;
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Pcput指作业的单个进程可以使用CPU的最长时间;
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vmem指作业可以使用的物理内存的最大值;
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Pmem指作业的单个进程可以使用的物理内存的最大值;
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Pvmem指作业的单个进程可以使用的虚拟内存的最大值;
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walltime指作业处于运行状态的最长时间;
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arch 指定系统管理员所定义的系统结构类型;
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host指定作业运行的主机名;
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nodes指定作业独占使用的结点数目和属性,使用“+”可以连接多种结点的定义。U数
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-V :将所有的环境变量都传递到批处理作业中
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-m 定义何时给用户发送有关作业的邮件。可设定的选项有:
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n 不发送邮件
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a 当作业被批处理系统中断时,发送邮件
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b 当作业开始执行时,发送邮件
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e 当作业执行结束时,发送邮件
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-o: 指定标准输出文件
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-e: 指定错误信息输出文件
投递方式
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echo "cmd" | qsub
使用
echo
命令直接将要执行的命令传递给qsub进行任务投递 -
echo "bash submit.sh" | qsub
将要执行的命令写进文件,文件类型只要是可执行文件就行,并在文件前面说明用什么来读取文件,比如bash、Rscript、python等
另外``qsub`的参数信息也可以写在要执行的文件里,如:
# bin/bash
#$ -V
#$ -cwd
#$ -l vf=25G
#$ -m n -cwd -pe smp 8
#$ -N hahaha
echo "Hellow world!"
2 查看任务状态
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qstat
: 查看自己的所有任务状态 -
qstat -u nser_name
: 查看某用户的所有任务状态
3 删除任务
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qdel job_ID
: 删除指定的任务 -
qdel -u user_name
: 删除某用户的所有任务
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