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Linux -- SGE集群常用命令

Linux -- SGE集群常用命令

作者: 生信摆渡 | 来源:发表于2020-05-14 13:03 被阅读0次

    1 任务投递 -- qsub

    使用qsub -help查看帮助文档

    常用参数
    • -N: 定义投递的工作名

    • -cwd:设置工作目录为当前目录

    • -l: 指定作业所需要的资源,设定对可消耗资源的限制。如果不设置,则无限制。
      LINUX系统可以设置的资源有cput, file, pcput, pmem, pvmem, vmem, walltime, arch, nodes, ncpus等;

      • Cput指作业的所有进程使用cpu最长时间;

      • File指作业可以建立单个文件大小的最大限制;

      • Pcput指作业的单个进程可以使用CPU的最长时间;

      • vmem指作业可以使用的物理内存的最大值;

      • Pmem指作业的单个进程可以使用的物理内存的最大值;

      • Pvmem指作业的单个进程可以使用的虚拟内存的最大值;

      • walltime指作业处于运行状态的最长时间;

      • arch 指定系统管理员所定义的系统结构类型;

      • host指定作业运行的主机名;

      • nodes指定作业独占使用的结点数目和属性,使用“+”可以连接多种结点的定义。U数

    • -V :将所有的环境变量都传递到批处理作业中

    • -m 定义何时给用户发送有关作业的邮件。可设定的选项有:

      • n 不发送邮件

      • a 当作业被批处理系统中断时,发送邮件

      • b 当作业开始执行时,发送邮件

      • e 当作业执行结束时,发送邮件

    • -o: 指定标准输出文件

    • -e: 指定错误信息输出文件

    投递方式
    • echo "cmd" | qsub

      使用echo命令直接将要执行的命令传递给qsub进行任务投递

    • echo "bash submit.sh" | qsub

      将要执行的命令写进文件,文件类型只要是可执行文件就行,并在文件前面说明用什么来读取文件,比如bash、Rscript、python等

    另外``qsub`的参数信息也可以写在要执行的文件里,如:

    # bin/bash
    #$ -V
    #$ -cwd
    #$ -l vf=25G
    #$ -m n -cwd -pe smp 8
    #$ -N hahaha
    
    echo "Hellow world!"
    

    2 查看任务状态

    • qstat: 查看自己的所有任务状态
    • qstat -u nser_name: 查看某用户的所有任务状态

    3 删除任务

    • qdel job_ID: 删除指定的任务
    • qdel -u user_name: 删除某用户的所有任务

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