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Linux -- SGE集群常用命令

Linux -- SGE集群常用命令

作者: 生信摆渡 | 来源:发表于2020-05-14 13:03 被阅读0次

1 任务投递 -- qsub

使用qsub -help查看帮助文档

常用参数
  • -N: 定义投递的工作名

  • -cwd:设置工作目录为当前目录

  • -l: 指定作业所需要的资源,设定对可消耗资源的限制。如果不设置,则无限制。
    LINUX系统可以设置的资源有cput, file, pcput, pmem, pvmem, vmem, walltime, arch, nodes, ncpus等;

    • Cput指作业的所有进程使用cpu最长时间;

    • File指作业可以建立单个文件大小的最大限制;

    • Pcput指作业的单个进程可以使用CPU的最长时间;

    • vmem指作业可以使用的物理内存的最大值;

    • Pmem指作业的单个进程可以使用的物理内存的最大值;

    • Pvmem指作业的单个进程可以使用的虚拟内存的最大值;

    • walltime指作业处于运行状态的最长时间;

    • arch 指定系统管理员所定义的系统结构类型;

    • host指定作业运行的主机名;

    • nodes指定作业独占使用的结点数目和属性,使用“+”可以连接多种结点的定义。U数

  • -V :将所有的环境变量都传递到批处理作业中

  • -m 定义何时给用户发送有关作业的邮件。可设定的选项有:

    • n 不发送邮件

    • a 当作业被批处理系统中断时,发送邮件

    • b 当作业开始执行时,发送邮件

    • e 当作业执行结束时,发送邮件

  • -o: 指定标准输出文件

  • -e: 指定错误信息输出文件

投递方式
  • echo "cmd" | qsub

    使用echo命令直接将要执行的命令传递给qsub进行任务投递

  • echo "bash submit.sh" | qsub

    将要执行的命令写进文件,文件类型只要是可执行文件就行,并在文件前面说明用什么来读取文件,比如bash、Rscript、python等

另外``qsub`的参数信息也可以写在要执行的文件里,如:

# bin/bash
#$ -V
#$ -cwd
#$ -l vf=25G
#$ -m n -cwd -pe smp 8
#$ -N hahaha

echo "Hellow world!"

2 查看任务状态

  • qstat: 查看自己的所有任务状态
  • qstat -u nser_name: 查看某用户的所有任务状态

3 删除任务

  • qdel job_ID: 删除指定的任务
  • qdel -u user_name: 删除某用户的所有任务

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