1 conda安装
清华镜像：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/?C=M&O=A
帮助链接：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/
获取镜像：
$ wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_4.12.0-Linux-x86_64.sh
$ bash Miniconda3-py39_4.12.0-Linux-x86_64.sh
一路默认ENTER、yes
conda config --set auto_activate_base false
Thank you for installing Miniconda3!
看到这个安装成功。然后启动进程
$ source ~/.bashrc
会变成这样且多了一个（base）
(base) root 20:21:50 /home/kaoku/biosoft/conda
$ conda
usage: conda [-h] [-V] command ...
conda is a tool for managing and deploying applications, environments and packages.
Options:
positional arguments:
command
clean Remove unused packages and caches.
compare Compare packages between conda environments.
看到帮助文档说明安装成功。
关闭显示（base）
$ conda config --set auto_activate_base false
2 conda频道配置
不要重复添加频道，顺序是有意义的。
添加清华频道：
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud//pytorch/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
设置显示搜索通道地址
conda config --set show_channel_urls yes
查看添加的频道：
$ cat ~/.condarc
auto_activate_base: false
channels:
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud//pytorch/
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
- defaults
show_channel_urls: true
defaulrs要删除
vim ~/.condarc
按dd删除一整行
:wq保存退出
设置独立环境：
conda会修改原本设置环境，并方便项目管理。
创建名为rnaseq小环境：-n指定环境名称
$ conda create -n rnaseq
进入新环境：
conda activate rnaseq
$ conda activate rnaseq
(rnaseq) root 16:13:10 /home/kaoku
退出新环境：
conda deactivate
列出已存在小环境：
conda info --env
conda env list
$ conda env list
# conda environments:
#
base * /root/miniconda3
rnaseq /root/miniconda3/envs/rnaseq
删除创建小环境及安装的包：
conda remove -n rnaseq --all
重命名小环境：
复制原先的：conda creative -n py2 --clone Phyton2
删除旧的：conda remove -n Phyton2 -all
conda创建小环境报错，排除网络问题和频道问题后，运行：
conda clean --packages && conda clean --all && conda update --all
一路y，再重新建立小环境即可。
3 conda安装软件
转录组为例：
质量控制：fastaqc、miltiqc、fastp、trimmomatic、cutadapt、trim_galore
对比和定量：bwa、hisat2、bowtie、bowtie2、STAR、salmon、subread(featureCount)
无参组装：Trinity
查询软件是否可以用conda安装：
网站查询：https://anaconda.org/search
$ conda search XXX
关键词搜索 fastaq conda
遇到conda安装问题：
conda update -n base conda
conda update --all
报错：Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.
解决：
conda config --add channels conda-forge
conda config --set channel_priority flexible
但是我的版本没有解决，发现在conda网站搜索软件https://anaconda.org/bioconda/fastqc
然后复制网页中的内容
conda install -c bioconda fastqc
就可以成功安装了
或者把https改为http
安装软件：
conda activate rnaseq
conda install XXXXX
指定版本：
conda install fastqc=0.11.7
查看当前环境安装软件：
conda list
查看符合正则表达式软件：
conda list fast*
查看指定环境的软件：
conda list -n rnaseq
删除软件：
conda remove fastqc
删除特定环境：
conda remove -n rnaseq fastqc
升级conda：
conda update conda
总结：
环境管理：
conda create -n rnaseq
conda activate rnaseq
conda deactivate
软件管理：
conda search fastqc
conda install fastqc
conda remove fastqc
conda update fastqc
conda list
4 conda进阶操作-mamba
切换base:
conda activate base
安装：
conda install mamba
除了启动环境之外（conda activate rnaseq）
所有命令都可以用mamba替代
搜索软件：
mamba search fastqc
mamba repoquery search fastqc
安装软件：
mamba install fastqc
$ mamba search fastqc
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mamba (0.24.0) supported by @QuantStack
GitHub: https://github.com/mamba-org/mamba
Twitter: https://twitter.com/QuantStack
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mamba可以多线程安装软件
mamba可查看依赖关系：
我依靠谁：
mamba repoquery depends -t samtools
谁依赖我：
mamba repoquery whoneeds -t phyton
版本和控制：
解决发文章的时候提供版本号，在更换服务器的时候保持软件版本不变：
1、用conda list 的export功能：
conda list
进阶用法：
conda list -n rnaseq --export > conda_rnaseq_list.txt
软件名=版本号=build
安装导出信息：
conda create -n rna -file conda_rnaseq_list.txt
2、用conda env 的 export导出整个环境：
conda env export -n rnaseq > rnaseq.yml
根据yml文件创建/更新环境：
conda env create/update -f rnaseq.yml
本地安装：
wget——移动到minoconda3的pkgs文件下
小技巧：
删除下载了没有使用的包：有一定风险
conda clean -p
清除index，比如更换北外镜像为清华镜像
conda clean -i
全部：
conda clean -a
指定位置安装：
conda install -p~/biosoft/samtools
然后启动
conda activate /home/data/...
之后，我们将进入Linux的进阶学习
我们们下一篇再见！
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