三、Linux软件安装

1.conda的安装

(1)下载miniconda

1.1.1 1.1.2

wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

wget -c https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

(2)安装miniconda

1.2.1

wget -c https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

conda config --set auto_activate_base false

source  ~/.bashrc

1.2.2 1.2.3 1.2.4 1.2.5 1.2.6 1.2.7 1.2.8 1.2.9 1.2.10

2.conda的使用

(1)配置频道

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/

2.1.1 2.1.2

• 频道

#清华镜像频道
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes


#北外镜像频道
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

#删除频道
vim ~./condarc
#打开后 光标放在要删除的行上点dd

#重新配置频道（先删除全部配置，再重新配置）
rm ~/.condarc
再配置

• anaconda镜像的国内大学镜像站点

• 清华大学：
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda
• 北京外国语大学：
https://mirrors.bfsu.edu.cn/help/anaconda/
• 南京大学：
https://mirrors.nju.edu.cn/anaconda/
• 上海交通大学：
https://mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/anaconda/
• 北京交通大学：
https://mirror.bjtu.edu.cn/anaconda/

2.1.3 2.1.4(官方，建议不使用）

(2）创建环境

2.2.1 2.2.2

• 用到的语句

#创建名为rnaseq的conda小环境      -n： 指定环境名称
conda create -n rnaseq

#启动rnaseq这个conda小环境
conda activate rnaseq

#列出已存在的小环境
conda env list

#退出rnaseq这个conda小环境
conda deactivate
#或
conda info --env

#删除已创建的小环境及安装的包
conda remove -n rnaseq --all

2.2.3

(3)安装软件

2.3.1 2.3.2 2.3.3 2.3.4 2.3.5 2.3.6 2.3.7 2.3.8

3.conda进阶技巧

(1)mamba的使用

• mamba的安装

#切换到base环境（确保安装在base）
conda activate base

#在base环境下安装mamba
conda install mamba

tips： 装在base环境中的包在小环境中依然可以调用，因此不需要在每个环境里都安装一遍

3.1.1

• mamba命令

#搜索软件
mamba search fastqc
mamba repoquery search fastqc

#安装软件
mamba install fastqc

3.1.2

(2)版本控制和迁移

3.2.1 3.2.2 3.2.3

(3)conda报错

3.3.1 3.3.2 3.3.3 3.3.4

3.环境变量

3.1 3.2 3.3 3.4

4.其他安装方式

(1)二进制文件安装

4.1.1 4.1.2 4.1.3 4.1.4 4.1.5 4.1.6 4.1.7 4.1.8 4.1.9 4.1.10

(2)源代码安装

4.2.1 4.2.2 4.2.3 4.2.4 4.2.5 4.2.6 4.2.7 4.2.8 4.2.9

(3)安装Java编译的软件

4.3.1 4.3.2 4.3.3 4.3.4 4.3.5 4.3.6 4.3.7 4.3.8

• 生物信息学常见的1000个软件的安装代码
  http://www.biotrainee.com/thread-856-1-1.html

彩蛋