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2018-06-14 跑gatk奔溃,释放你主机的内存buff

2018-06-14 跑gatk奔溃,释放你主机的内存buff

作者: 小郑的学习笔记 | 来源:发表于2018-06-14 10:10 被阅读0次

好久没有写更新,最近实在是太忙了,也发生了很多事情,对科研也有点迷茫啊,让我止步不前,但是想来想去,还是要按部就班地学习。

最近在自学广义线性模型,机器学习,还要跑重测序的数据,可以说没有一个重心。

我在跑很大数据的gatk的流程的时候,每次都会断掉,不知道什么原因,后来我发现是内存不够了,网上查了查,只要手动释放你的内存就OK,也可以编个脚本,每天定时释放。

命令很简单

sync
echo 3 > /proc/sys/vm/drop_caches

表示清除pagecache和slab分配器中的缓存对象。

网上说是这样:

sync
echo 1 > /proc/sys/vm/drop_caches
echo 2 > /proc/sys/vm/drop_caches
echo 3 > /proc/sys/vm/drop_caches

一般先用sync
sync 命令将所有未写的系统缓冲区写到磁盘中
然后释放内存

这里有个编写脚本的参考:
https://blog.csdn.net/u014740338/article/details/66975550

这里有个top 命令的详解:
https://blog.csdn.net/quiet_girl/article/details/50668126

还是要不断学习

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