View topic - Format of pedigree data in BLUP-analysis | Forum | VSN International

Christof Pietsch Posted: Tue Oct 13, 2009 8:40 am

我想知道，是否没有谱系信息但有表型的条目必须包含在谱系数据中，以便使用VPEDIGREE指令在blup分析中计算分子关系矩阵？

Arthur Posted: Tue Oct 13, 2009 10:57 pm

对。
NRM矩阵必须将所有个体以及这些个体的已知父母纳入数据中。
NRM的计算独立于数据，然后与数据关联。如果数据包含不在NRM中的个体，则关联失败。

gdutkowski Posted: Wed Oct 14, 2009 12:13 am

Joao Costa e Silva发现，在林业背景下，将这些【没有谱系信息的】个体包括在分析中可能会导致对加性方差的估计存在很大差异。我们标准地给这样的分析应用一个额外的可正可负的units方差以避免偏差估计（对不起，不知道R的方法）。或者我们从方差估计中排除它们。
我不知道为什么会发生这种情况，但据推测，作为没有父母的个体，这些个体被视为系谱中不相关的创立者，并且在方差估计中被赋予了很高的权重。事实上，它们可能是有亲缘关系的，或者来自不同的群体。