跟着Nature microbiology学作图:R语言ggpl

论文

Evolutionary origins of the SARS-CoV-2 sarbecovirus lineage responsible for the COVID-19 pandemic

image.png

本地文件 s41564-020-0771-4.pdf

代码和数据下载链接

https://github.com/plemey/SARSCoV2origins

今天的推文我们来重复一下论文中的 Figure 2 中的簇状柱形图

image.png

之前的推文也介绍过R语言ggplot2做簇状柱形图的代码，这个图和之前的比较常规的簇状柱形图的区别在于多了一个贴近坐标轴的分组线段，今天的推文主要介绍的是这个的实现办法

有一个R包是ggh4x,这里有函数可以直接控制坐标轴的范围

没有找到原文的原始数据，直接自己随便构造一个数据

image.png

加载需要用到的R包

library(readxl)
library(ggplot2)
library(ggh4x)

读取数据

df<-read_excel("Figure2.xlsx")
df

最普通的簇状柱形图

ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))+
  geom_col(aes(fill=group),
           position = position_dodge(0.4),
           width = 0.3)

image.png

设置柱子的先后顺序

df$x<-factor(df$x,
             levels = c("NTD","CTD","Variable loop","S1 3 end","S2"))

df$group<-factor(df$group,
                 levels = c("Pangolin Guangdong 2019",
                            "Pangolin Guangxi 2017 (P5L)",
                            "Yunnan 2013 (RaTG13)"))

简单美化

ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))+
  geom_col(aes(fill=group),
           position = position_dodge(0.4),
           width = 0.3,
           show.legend = F)+
  scale_y_continuous(expand = c(0,0),
                     limits = c(-0.1,1))+
  theme_minimal()+
  theme(panel.grid = element_blank(),
        axis.line.y = element_line(),
        axis.ticks.y = element_line())+
  labs(x="loop removed",
       y="Genetic distance from human\nSARS-CoV-2\n(substitutions per site)")+
  annotate(geom = "segment",
           x=0.6,y=0,xend = 5.4,yend = 0)+
  scale_fill_manual(values = c("#ff7a17",
                               "#808284",
                               "#1db280"))+
  # theme(#plot.margin = unit(c(0.5,0.1,2,0.5),"cm"),
  #       
  #       axis.text.x = element_text(margin = 
  #                                    margin(2,0,0,0,unit = "cm")))+
  guides(y=guide_axis_truncated(trunc_lower = 0,
                                trunc_upper = 1)) -> p1
p1

image.png

最后是添加表示分组的柱子

 p1+ annotate(geom = "segment",
           x=0.6,xend=1.4,
           y=-0.05,yend = -0.05,
           size=5,
           color="#c2abd3")+
  annotate(geom = "segment",
           x=1.6,xend=2.4,
           y=-0.05,yend = -0.05,
           size=5,
           color="#d899be")+
  annotate(geom = "segment",
           x=2.6,xend=3.4,
           y=-0.05,yend = -0.05,
           size=5,
           color="#d5d6e9")+
  annotate(geom = "segment",
           x=3.6,xend=4.4,
           y=-0.05,yend = -0.05,
           size=5,
           color="#d899be")+
  annotate(geom = "segment",
           x=4.6,xend=5.4,
           y=-0.05,yend = -0.05,
           size=5,
           color="#f8a5c9")

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