跟着Nature microbiology学画图~R语言ggpl

今天要模仿的图片来自于论文 Core gut microbial communities are maintained by beneficial interactions and strain variability in fish。期刊是 Nature microbiology

image.png

重复的图片是Figure2中的直方图

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首先是模拟数据

直方图的数据相对比较简单，只需要准备一列x和一列y即可

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另存为csv格式，存储到Rstudio的工作目录下。这边我命名为 example_1.csv

读入数据

df<-read.csv("example_1.csv",header=T)
df

最基本的直方图

使用geom_col()函数

ggplot(df,aes(x=x,y=y))+
  geom_col()

image.png

如果想要让柱子紧挨着，去除柱子之间的空白，可以加一个width=1这个参数

ggplot(df,aes(x=x,y=y))+
  geom_col(width = 1)

image.png

为边框设置颜色用到的是color参数

ggplot(df,aes(x=x,y=y))+
  geom_col(width = 1,color="black")

image.png

更改柱子的填充颜色用到的是fill参数

ggplot(df,aes(x=x,y=y))+
  geom_col(width = 1,color="black",fill="grey")

image.png

更改x轴和y轴的标题，可以用labs()函数

ggplot(df,aes(x=x,y=y))+
  geom_col(width = 1,color="black",fill="grey")+
  labs(x="Niche width",y="Number of ESVs")

image.png

去掉灰色的背景，通过主题函数theme()进行设置

ggplot(df,aes(x=x,y=y))+
  geom_col(width = 1,color="black",fill="grey")+
  labs(x="Niche width",y="Number of ESVs")+
  theme(panel.background = element_blank())

image.png

加上x轴和y轴的线条

ggplot(df,aes(x=x,y=y))+
  geom_col(width = 1,color="black",fill="grey")+
  labs(x="Niche width",y="Number of ESVs")+
  theme(panel.background = element_blank(),
        axis.line = element_line())

image.png

添加一条垂直的辅助线，用到的是geom_vline()函数

ggplot(df,aes(x=x,y=y))+
  geom_col(width = 1,color="black",fill="grey")+
  labs(x="Niche width",y="Number of ESVs")+
  theme(panel.background = element_blank(),
        axis.line = element_line())+
  geom_vline(xintercept = 4,lty="dashed",color="red")

image.png

添加右侧粉红色的矩形框，用到的是geom_rect()函数

ggplot(df,aes(x=x,y=y))+
  geom_col(width = 1,color="black",fill="grey")+
  labs(x="Niche width",y="Number of ESVs")+
  theme(panel.background = element_blank(),
        axis.line = element_line())+
  geom_vline(xintercept = 4,lty="dashed",color="red")+
  geom_rect(aes(xmin=4.02,xmax=4.5,ymin=0,ymax=1200),
            fill="red",alpha=0.2)

image.png

最后是添加一些文本注释，使用的是annotate()函数

ggplot(df,aes(x=x,y=y))+
  geom_col(width = 1,color="black",fill="grey")+
  labs(x="Niche width",y="Number of ESVs")+
  theme(panel.background = element_blank(),
        axis.line = element_line())+
  geom_vline(xintercept = 4,lty="dashed",color="red")+
  geom_rect(aes(xmin=4.02,xmax=4.5,ymin=0,ymax=1200),
            fill="red",alpha=0.2)+
  annotate("text",x=0,y=1250,label="Specialist microbes")+
  annotate("text",x=4,y=1250,label="Generalist microbes")

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