Anaconda: 环境管理

• 在进行环境管理是，要主要环境存放路径和环境中的包存放的路径

1.激活Conda

cd anaconda3/bin  '#进入到conda的bin目录下
source ./activate  #启动conda环境

如果bin目录下的activate没有可执行权限，则需要先给activate添加可执行权限

1.1 将Conda添加至系统目录

安装并激活Conda后，要把ananconda/bin路径添加至系统目录下，否则不会登录用户自动启动

vi ~/.bashrc
export PATH='path/to/anaconda/bin:$PATH'

3. 更新系统的路径配置

source ~/.bashrc

只有更新以后，修改的系统路径配置文件才能生效

2.查看系统中的所有环境

conda info -e

3.创建一个环境

conda create --name python3-cellranger3 python=3.6

创建一个Python版本为3.6，名为python3-cellranger3的环境

4.激活一个环境

conda activate python3-cellranger3

激活名为python3-cellranger3的环境

5.退出环境

conda deactivate

• 如果此时处在conda的非主环境，则会退出此环境并返回conda主环境
• 如果此时处在conda的主环境，则会直接退出conda环境
• 退出conda环境后，只是不具备conda环境，但是conda本身还是能使用的

6.删除某个环境

conda remove --name python3-cellranger3 --all

删除名为python3-cellranger3的环境

7.重命名环境

conda create -n new-name --clone old-name  #复制原来的环境，并把复制后的环境命名为新名
conda remove -n rcnn --all  #删除原来的环境

8. 复制环境

conda create -n env_name_2 --clone env_name_1

• env_name_1 : 被复制的环境名称
• env_name_2 : 复制后得到的新环境名称