VCF文件全称为Variant Call Format，表示基因组的变异信息，通常为GATK和Samtools软件处理所得到。
VCF文件大致可以分为两个部分：
1、以##开头的头文件信息
##fileformat=VCFv4.2
##FILTER=<ID=LowQual,Description="Low quality">
##FORMAT=<ID=AD,Number=.,Type=Integer,Description="Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed">
##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Approximate read depth (reads with MQ=255 or with bad mates are filtered)">
##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality">
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
##FORMAT=<ID=PL,Number=G,Type=Integer,Description="Normalized, Phred-scaled likelihoods for genotypes as defined in the VCF specification">
##GATKCommandLine.HaplotypeCaller=<ID=HaplotypeCaller,Version=3.5-0-g36282e4,Date="Tue Apr 03 19:35:05 CST 2018",Epoch=1522755305379,CommandLineOptions="analysis_type=HaplotypeCaller input_file=[/opt/NfsDir/UserDir/wujh/Project/PrecisionFDA/Data_AshkenazimTrio//son/son.recal.bam] showFullBamList=false read_buffer_size=null phone_home=AWS gatk_key=null tag=NA read_filter=[] disable_read_filter=[] intervals=[/opt/NfsDir/UserDir/wujh/Project/PrecisionFDA/Data_AshkenazimTrio/ccds.interval.list] excludeIntervals=null interval_set_rule=UNION interval_merging=ALL interval_padding=0 reference_sequence=/opt/NfsDir/PublicDir/reference/ucsc.hg19.fasta nonDeterministicRandomSeed=false disableDithering=false maxRuntime=-1 maxRuntimeUnits=MINUTES downsampling_type=BY_SAMPLE downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=500 baq=OFF baqGapOpenPenalty=40.0 refactor_NDN_cigar_string=false fix_misencoded_quality_scores=false allow_potentially_misencoded_quality_scores=false useOriginalQualities=false defaultBaseQualities=-1 performanceLog=null BQSR=null quantize_quals=0 static_quantized_quals=null round_down_quantized=false disable_indel_quals=false emit_original_quals=false preserve_qscores_less_than=6 globalQScorePrior=-1.0 validation_strictness=SILENT remove_program_records=false keep_program_records=false sample_rename_mapping_file=null unsafe=null disable_auto_index_creation_and_locking_when_reading_rods=false no_cmdline_in_header=false sites_only=false never_trim_vcf_format_field=false bcf=false bam_compression=null simplifyBAM=false disable_bam_indexing=false generate_md5=false num_threads=1 num_cpu_threads_per_data_thread=1 num_io_threads=0 monitorThreadEfficiency=false num_bam_file_handles=null read_group_black_list=null pedigree=[] pedigreeString=[] pedigreeValidationType=STRICT allow_intervals_with_unindexed_bam=false generateShadowBCF=false variant_index_type=DYNAMIC_SEEK variant_index_parameter=-1 reference_window_stop=0 logging_level=INFO log_to_file=null help=false version=false out=/opt/NfsDir/UserDir/wujh/Project/PrecisionFDA/Data_AshkenazimTrio/son/son.raw.vcf likelihoodCalculationEngine=PairHMM heterogeneousKmerSizeResolution=COMBO_MIN dbsnp=(RodBinding name= source=UNBOUND) dontTrimActiveRegions=false maxDiscARExtension=25 maxGGAARExtension=300 paddingAroundIndels=150 paddingAroundSNPs=20 comp=[] annotation=[RMSMappingQuality, BaseCounts] excludeAnnotation=[] group=[Standard, StandardHCAnnotation] debug=false useFilteredReadsForAnnotations=false emitRefConfidence=NONE bamOutput=null bamWriterType=CALLED_HAPLOTYPES disableOptimizations=false annotateNDA=false heterozygosity=0.001 indel_heterozygosity=1.25E-4 standard_min_confidence_threshold_for_calling=50.0 standard_min_confidence_threshold_for_emitting=10.0 max_alternate_alleles=6 input_prior=[] sample_ploidy=2 genotyping_mode=DISCOVERY alleles=(RodBinding name= source=UNBOUND) contamination_fraction_to_filter=0.0 contamination_fraction_per_sample_file=null p_nonref_model=null exactcallslog=null output_mode=EMIT_VARIANTS_ONLY allSitePLs=false gcpHMM=10 pair_hmm_implementation=VECTOR_LOGLESS_CACHING pair_hmm_sub_implementation=ENABLE_ALL always_load_vector_logless_PairHMM_lib=false phredScaledGlobalReadMismappingRate=45 noFpga=false sample_name=null kmerSize=[10, 25] dontIncreaseKmerSizesForCycles=false allowNonUniqueKmersInRef=false numPruningSamples=1 recoverDanglingHeads=false doNotRecoverDanglingBranches=false minDanglingBranchLength=4 consensus=false maxNumHaplotypesInPopulation=128 errorCorrectKmers=false minPruning=2 debugGraphTransformations=false allowCyclesInKmerGraphToGeneratePaths=false graphOutput=null kmerLengthForReadErrorCorrection=25 minObservationsForKmerToBeSolid=20 GVCFGQBands=[1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 70, 80, 90, 99] indelSizeToEliminateInRefModel=10 min_base_quality_score=10 includeUmappedReads=false useAllelesTrigger=false doNotRunPhysicalPhasing=true keepRG=null justDetermineActiveRegions=false dontGenotype=false dontUseSoftClippedBases=false captureAssemblyFailureBAM=false errorCorrectReads=false pcr_indel_model=CONSERVATIVE maxReadsInRegionPerSample=10000 minReadsPerAlignmentStart=10 mergeVariantsViaLD=false activityProfileOut=null activeRegionOut=null activeRegionIn=null activeRegionExtension=null forceActive=false activeRegionMaxSize=null bandPassSigma=null maxProbPropagationDistance=50 activeProbabilityThreshold=0.002 min_mapping_quality_score=20 filter_reads_with_N_cigar=false filter_mismatching_base_and_quals=false filter_bases_not_stored=false">
##GATKCommandLine.SelectVariants=<ID=SelectVariants,Version=3.5-0-g36282e4,Date="Wed Jun 06 09:33:03 CST 2018",Epoch=1528248783862,CommandLineOptions="analysis_type=SelectVariants input_file=[] showFullBamList=false read_buffer_size=null phone_home=AWS gatk_key=null tag=NA read_filter=[] disable_read_filter=[] intervals=null excludeIntervals=null interval_set_rule=UNION interval_merging=ALL interval_padding=0 reference_sequence=/opt/NfsDir/PublicDir/reference/ucsc.hg19.fasta nonDeterministicRandomSeed=false disableDithering=false maxRuntime=-1 maxRuntimeUnits=MINUTES downsampling_type=BY_SAMPLE downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=1000 baq=OFF baqGapOpenPenalty=40.0 refactor_NDN_cigar_string=false fix_misencoded_quality_scores=false allow_potentially_misencoded_quality_scores=false useOriginalQualities=false defaultBaseQualities=-1 performanceLog=null BQSR=null quantize_quals=0 static_quantized_quals=null round_down_quantized=false disable_indel_quals=false emit_original_quals=false preserve_qscores_less_than=6 globalQScorePrior=-1.0 validation_strictness=SILENT remove_program_records=false keep_program_records=false sample_rename_mapping_file=null unsafe=null disable_auto_index_creation_and_locking_when_reading_rods=false no_cmdline_in_header=false sites_only=false never_trim_vcf_format_field=false bcf=false bam_compression=null simplifyBAM=false disable_bam_indexing=false generate_md5=false num_threads=1 num_cpu_threads_per_data_thread=1 num_io_threads=0 monitorThreadEfficiency=false num_bam_file_handles=null read_group_black_list=null pedigree=[] pedigreeString=[] pedigreeValidationType=STRICT allow_intervals_with_unindexed_bam=false generateShadowBCF=false variant_index_type=DYNAMIC_SEEK variant_index_parameter=-1 reference_window_stop=0 logging_level=INFO log_to_file=null help=false version=false variant=(RodBinding name=variant source=/opt/NfsDir/UserDir/wujh/Project/PrecisionFDA/Hardfilter_optimize/son.raw.vcf) discordance=(RodBinding name= source=UNBOUND) concordance=(RodBinding name= source=UNBOUND) out=/opt/NfsDir/UserDir/wujh/Project/PrecisionFDA/Hardfilter_optimize/SNP/HG002_SNP.vcf sample_name=[] sample_expressions=null sample_file=null exclude_sample_name=[] exclude_sample_file=[] exclude_sample_expressions=[] selectexpressions=[] invertselect=false excludeNonVariants=false excludeFiltered=false preserveAlleles=false removeUnusedAlternates=false restrictAllelesTo=ALL keepOriginalAC=false keepOriginalDP=false mendelianViolation=false invertMendelianViolation=false mendelianViolationQualThreshold=0.0 select_random_fraction=0.0 remove_fraction_genotypes=0.0 selectTypeToInclude=[SNP] selectTypeToExclude=[] keepIDs=null excludeIDs=null fullyDecode=false justRead=false maxIndelSize=2147483647 minIndelSize=0 maxFilteredGenotypes=2147483647 minFilteredGenotypes=0 maxFractionFilteredGenotypes=1.0 minFractionFilteredGenotypes=0.0 setFilteredGtToNocall=false ALLOW_NONOVERLAPPING_COMMAND_LINE_SAMPLES=false forceValidOutput=false filter_reads_with_N_cigar=false filter_mismatching_base_and_quals=false filter_bases_not_stored=false">
##INFO=<ID=AC,Number=A,Type=Integer,Description="Allele count in genotypes, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele Frequency, for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
......
##contig=<ID=chrUn_gl000248,length=39786,assembly=hg19>
##contig=<ID=chrUn_gl000249,length=38502,assembly=hg19>
##reference=file:///opt/NfsDir/PublicDir/reference/ucsc.hg19.fasta
##source=SelectVariants
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT son
头文件信息主要包括vcf文件版本、FORMAT、INFO、参考基因组以及执行程序等信息。
表头各列含义详解：
1. CHROM(chromosome):染色体
2. POS 变异位点在参考基因组中的位置
3. ID - identifier: variant的ID。比如在dbSNP中有该SNP的id，则会在此行给出；若没有，则用’.'表示其为一个novel variant。
4. REF - reference base(s):参考碱基，染色体上面的碱基，必须是ATCGN中的一个，N表示不确定碱基
5. ALT - alternate base(s):与参考序列比较发生突变的碱基
6. QUAL - quality: Phred格式(Phred_scaled)的质量值，表 示在该位点存在variant的可能性；该值越高，则
variant的可能性越大；计算方法：Phred值 = -10 * log (1-p) p为variant存在的概率; 通过计算公式
可以看出值为10的表示错误概率为0.1，该位点为variant的概率为90%。
7. FILTER - _filter status: 使用上一个QUAL值来进行过滤的话，是不够的。GATK能使用其它的方法来进行过滤，过滤结果中通过则该值为”PASS”;若variant不可靠，则该项不为”PASS”或”.”。
8. INFO - additional information: 这一行是variant的详细信息，具体如下：
#DP-read depth：样本在这个位置的reads覆盖度。是一些reads被过滤掉后的覆盖度。DP4:高质量测序碱基，位于REF或者ALT前后
#QD：通过深度来评估一个变异的可信度。Variant call confidence normalized by depth of sample reads supporting a variant
#MQ：表示覆盖序列质量的均方值RMS Mapping Quality
#FQ：phred值关于所有样本相似的可能性
#AC，AF 和 AN：AC(Allele Count) 表示该Allele的数目；AF(Allele Frequency) 表示Allele的频率； AN(Allele Number) 表示Allele的总数目。
对于1个diploid sample而言：则基因型 0/1 表示sample为杂合子，Allele数为1(双倍体的sample在该位点只有1个等位基因发生了突变)，
Allele的频率为0.5(双倍体的sample在该位点只有50%的等位基因发生了突变)，总的Allele为2； 基因型 1/1 则表示sample为纯合的，Allele数为2，Allele的频率为1，总的Allele为2。
#MLEAC：Maximum likelihood expectation (MLE) for the allele counts (not necessarily the same as the AC), for each ALT allele, in the same order as listed
#MLEAF：Maximum likelihood expectation (MLE) for the allele frequency (not necessarily the same as the AF), for each ALT allele, in the same order as listed
#BaseQRankSum 比较支持变异的碱基和支持参考基因组的碱基的质量，负值表示支持变异的碱基质量值不及支持参考基因组的，
正值则相反，支持变异的质量值好于参考基因组的。0表示两者无明显差异。
#FS 使用F检验来检验测序是否存在链偏好性。链偏好性可能会导致变异等位基因检测出现错误。输出值Phred-scaled p-value，值越大越可能出现链偏好性。
#InbreedingCoeff 使用似然法检验样本间的近交系数（又或者称为近亲关系）。值越高越可能是近亲繁殖。
#MQRankSum 比较支持变异的序列和支持参考基因组的序列的质量，负值表示支持变异的碱基质量值不及支持参考基因组的，只针对杂合。
正值则相反，支持变异的质量值好于参考基因组的。0表示两者无明显差异。实际应用中一般过滤掉较小的负值。
#BaseCounts 所有样本在变异位点ATCG的数量
#ClippingRankSum 同前面两个类似，负值表示支持变异的read有更的的hard-clip碱基，正值表示支持参考基因组的的read有更多的hard-clip。0最好，无论是正值还是负值都表示可能可能存在人为偏差。
#ReadPosRankSum 检测变异位点是否有位置偏好性（是否存在于序列末端，此时往往容易出错）。最佳值为0，表示变异与其在序列上的位置无关。负值表示变异位点更容易在末端出现，正值表示参考基因组中的等位基因更容易在末端出现。
#ExcessHet 检测这些样本的相关性，与InbreedingCoeff相似，值越大越可能是错误。
#LikelihoodRankSum 评价支持变异和ref的序列与best hyplotype的匹配性，0为最佳值。负值表示支持变异的read匹配度不及支持ref的匹配度，正值则相反。值越大表示越可能是出现了错误。
#HaplotypeScore 分数越高越可能出现错误。Higher scores are indicative of regions with bad alignments, typically leading to artifactual SNP and indel calls.
#SOR：也是一个用来评估是否存在链偏向性的参数，相当于FS的升级版。The StrandOddsRatio annotation is one of several methods that aims to evaluate whether there is strand bias in the data. It is an updated form of the Fisher Strand Test that is better at taking into account large amounts of data in high coverage situations. It is used to determine if there is strand bias between forward and reverse strands for the reference or alternate allele. The reported value is ln-scaled.
#IS：插入缺失或部分插入缺失的reads允许的最大数量
#G3：ML 评估基因型出现的频率
#HWE：chi^2基于HWE的测试p值和G3
#CLR：在受到或者不受限制的情况下基因型出现可能性log值
#UGT：最可能不受限制的三种基因型结构
#CGT：最可能受限制三种基因型的结构
#PV4：四种P值得误差，分别是（strand、baseQ、mapQ、tail distance bias）
#INDEL：表示该位置的变异是插入缺失
#PC2：非参考等位基因的phred（变异的可能性）值在两个分组中大小不同
#PCHI2：后加权chi^2，根据p值来测试两组样本之间的联系
#QCHI2：Phred scaled PCHI2
#PR：置换产生的一个较小的PCHI2
#QBD：Quality by Depth，测序深度对质量的影响
#RPB：序列的误差位置（Read Position Bias）
#MDV：样本中高质量非参考序列的最大数目
#VDB：Variant Distance Bias，RNA序列中过滤人工拼接序列的变异误差范围
9. FORMAT 和最后一列sample中的信息是对应的
#AD 和 DP：AD(Allele Depth)为sample中每一种allele的reads覆盖度,在diploid中则是用逗号分割的两个值，
前者对应ref基因型，后者对应variant基因型； DP（Depth）为sample中该位点的覆盖度。
#GT：样品的基因型（genotype）。两个数字中间用’/'分 开，这两个数字表示双倍体的sample的基因型。0 表示样品中有ref的allele；
1表示样品中variant的allele； 2表示有第二个variant的allele。因此： 0/0 表示sample中该位点为纯合的，和ref一致； 0/1 表示sample中该位点为杂合的，有ref和variant两个基因型； 1/1 表示sample中该位点为纯合的，和variant一致。
#GQ：即第二可能的基因型的PL值，相对于最可能基因型的PL值（其PL=0）而言，大于99时，其信息量已不大，因此大于99的全部赋值99。当GQ值很小时，意味着第二可能基因型与最可能基因型差别不大。
#GL：三种基因型（RR RA AA）出现的可能性，R表示参考碱基，A表示变异碱基
#DV：高质量的非参考碱基
#SP：phred的p值误差线
#PL：指定的三种基因型的可能性(provieds the likelihoods of the given genotypes)。这三种指定的基因型为(0/0,0/1,1/1)，这三种基因型的概率总和为1。
和之前不一致，该值越大，表明为该种基因型的可能性越小。 Phred值 = -10 * log (p) p为基因型存在的概率。
网友评论