A公司与B公司签订《建设工程施工合同》，就工程款是否已经支付完毕发生纠纷。A公司完成建筑施工，依据施工合同向B公司要求支付剩余工程款。而B公司主张工程款已经付清，其理由是其持有A公司发票。（[2013]民提字第46号）
根据《发票管理办法》第三条的规定，发票是收付款凭证！那B公司持有A公司发票，是否等同于B公司已付款？
发票在什么条件下可作为已支付款项的证明？最高院是这样规定的！
2012年最高院颁布《最高人民法院关于审理买卖合同纠纷案件适用法律问题的解释》，其中第八条规定：“合同约定或者当事人之间习惯以普通发票作为付款凭证，买受人以普通发票证明已经履行付款义务的，人民法院应予支持，但有相反证据足以推翻的除外。”
由此可见，发票并非必然成为已付款凭证，需要有前提条件。
司法实践中，普通发票与增值税专用发票虽同属于发票一类，然普通发票不像增值税专用发票一样，有专门的条例和管理办法调整，因此普通发票应先适用《发票管理办法》。
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《发票管理办法》第3条所规定：“本办法所称发票，是指在购销商品、提供或者接受服务以及从事其他经营活动中，开具、收取的收付款凭证。“
第20条规定：“所有单位和从事生产、经营活动的个人在购买商品、接受服务以及从事其他经营活动支付款项时，向收款方取得发票。取得发票时，不得要求变更品名和金额。”
综上可知，此处所规定的发票是指普通发票，具有市场交易中的功能之一是收付款凭证，因此对收付款行为具有一定的证明效力。
再结合《最高人民法院关于审理买卖合同纠纷案件适用法律问题的解释》第八条规定，买受人以普通发票证明已经履行付款义务的存在一个前提，即“合同约定或者当事人之间习惯以普通发票作为付款凭证”，同时也从反方面进行了规定，即“有相反证据足以推翻的除外”。
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因此，结论是增值税发票不能直接作为已付款的凭证，但普通发票则一般可认定为付款凭证，除非有其他证据推翻。
回到文章开始的案例中，最高法院经最终认定，发票具有结算功能，但在不是现金交易的情况下仅持有发票并不能作为付款已完成的依据。
发票持有人应该提供支付款项的支票存根、转帐记录、银行对帐单等用以对付款事实加以证明，因此，B公司仅以持有发票而主张付清全部工程款依据不足，A公司胜诉。因此，最高法院将发票具有付款凭证的功能做了限制。
实务建议
实务操作中，为避免因为发票产生纠纷，建议企业从如下两点优化：
第一、合同中写明先开发票，后银行汇款（或以支票等形式支付），发票不作为已经付款的凭证，如：“卖方在货物发出同时开具足额增值税发票，买方应在收货后以支票、汇票、电汇等非现金方式支付货款，不以现金结算”。
第二、将发票原件交给付款方时，让其在发票复印件上签收，写上“已收到发票原件，在多少天内付款”（或者“尚未付款”）。
相关规定
《发票管理办法》第三条的规定，“本办法所称发票，是指在购销商品、提供或者接受服务以及从事其他经营活动中，开具、收取的收付款凭证。”
第二十条规定：“所有单位和从事生产、经营活动的个人在购买商品、接受服务以及从事其他经营活动支付款项时，向收款方取得发票。取得发票时，不得要求变更品名和金额。”
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《最高人民法院关于审理买卖合同纠纷案件适用法律问题的解释》
第八条规定：“合同约定或者当事人之间习惯以普通发票作为付款凭证，买受人以普通发票证明已经履行付款义务的，人民法院应予支持，但有相反证据足以推翻的除外。”
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