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躺着也可以学习纳米孔测序了

躺着也可以学习纳米孔测序了

作者: 基因学苑 | 来源:发表于2020-08-21 16:14 被阅读0次

    经过14的马拉松式的在线直播课程,我们第一期《纳米孔测序数据分析培训班》圆满落幕,通过本次培训学员们充分了解了纳米孔测序相关的问题,并且通过实际操作,能够完成数据数据分析的工作。错过第一期网络课程的,现在可以通过观看我们的在线来进行学习,购买之后可以反复观看学习。

    课程介绍

    本次推出的视频课程为“纳米孔测序数据分析网络培训班(第1期)”的录播内容,虽然录播内容没有了在线直播的互动性,不过依然是学习纳米孔测序非常好的学习材料。并且视频经过剪辑,去除直播时一些等待操作。每天将近两个小时,14天的直播,视频全长将近25小时,干货满满。

    通过本视频课程您将学会五大主题内容:

    1、深入了解nanopore测序技术;

    2、掌握生物信息Linux环境;

    3、病原微生物快速鉴定(含新冠病毒数据分析);

    4、拼接一个“完美”的基因组;

    5、利用长读长进行SV检测。

    日期主题课程安排

    6月 1日课程介绍课程介绍

    nanopore测序技术简介

    nanopore测序技术的应用

    6月 2日熟悉工作环境Linux操作基础

    6月 3日测序原理测序原理

    不同测序平台比较

    纳米孔测序的错误问题

    6月 4日开始做纳米孔测序nanopore实验室分析平台搭建

    6月 5日bioconda使用安装bioconda

    利用bioconda管理生物软件

    6月 6日软件安装纳米孔测序软件安装

    6月 7日前期数据处理HDF5(FAST5)文件格式介绍

    利用Guppy进行数据转换

    fastq文件格式

    数据质控

    数据过滤

    6月 8日序列比对minimap2序列比对

    sam文件格式介绍

    samtools处理sam/bam文件

    tablet 可视化拼接结果

    6月 9日病原微生物快速鉴定纯培养样品鉴定

    混合样品鉴定

    NCBI物种分类介绍

    nt库介绍

    nt库下载

    blast比对

    拆分nt库

    构建病毒鉴定数据库

    利用MEGAN进行物种鉴定

    如何提高比对速度

    6月10日新冠病毒数据分析利用纳米孔测序研究新冠病毒

    ARTIC Network工作流

    6月11日基因组拼接纳米孔测序基因组拼接原理

    常用nanopore数据拼接工具

    quast组装结果评估

    筛选最佳拼接结果 

    6月12日混合拼接不同数据混合拼接

    illumina测序数据拼接

    Pacbio测序数据拼接

    二代+三代混合拼接方案

    几种拼接方案的比较

    BUSCO评估

    细菌完成图拼接方案

    6月13日拼接完优化组装结果优化原理

    利用二代测序优化结果

    medaka组装结果纠错

    pilon组装结果纠错

    racon组装结果纠错

    6月14日长片段变异检测利用纳米孔测序检测SNP

    利用纳米孔测序检测SV

    利用IGV可视化突变结果

    如何购买

    视频目前已上架腾讯课程,微信登录购买即可观看,课程原价2688元,目前上线促销,领取优惠券,只需半价1344元,优惠券数目有限,三天有效,先到先得。点击“阅读原文”领取优惠。购买之后,联系我们,将获得培训版电子版讲义以及400页培训PPT。

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