两种awk方法实现转置(行变列,列变行)与R t(x)用时对比

示例文件：

此文件sep= \t，其他分隔符需要自己更换；

awk第一种方法

命令如下：

awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{for(i=1;i<NF+1;i++){a[NR,i]=$i}}END{for(i=1;i<NF+1;i++){for(j=1;j<NR;j++){printf a[j,i]"\t"}print a[j,i]}}' testfile2

转置结果：

这种需求还是需要一些小操作的

awk第二种方法

根据列数用awk输出每一列时格式输出转为一行并保存到以列数为名的数组中，最后再输出所有数组，减少了一个维度会简单一些，代码如下：

awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}NR==1{for(i=1;i<NF+1;i++){a[i]=$i}}NR>1{for(i=1;i<NF;i++){a[i]=a[i]"\t"$i}a[i]=a[i]"\t"$i}END{for(i=1;i<NF+1;i++){print a[i]}}'  testfile2

使用R tx 函数

用时统计

结果是一样的，看一下用时（待转换的矩阵为55827行，13列的基因表达矩阵）：
结果文件：

第一种：

第二种：

使用R tx函数用时：

能看出来第一种是最优的，第二种减少一个维度，增加了运行时间，R函数第二