link 和 relationships（二）
3. link formatting
通常，如果有多个数据文件，则每个文件都与自己的 <link> 块相关联
<links>
# global parameters here
...
<link>
file = /path/to/file
# local parameters for this data set
...
</link>
<link>
file = /path/to/file
# local parameters for this data set
...
</link>
...
</links>
当在一个图像中组合多个 link 数据时，需要记住几件事
-
首先，要为每个数据集设置想要的
z-depth，z值高的绘制在低的数据集之上。在这个例子中，我用浅灰色（z=5）绘制前10000条记录，然后用浅灰色（z=10）绘制前2500条记录，然后用灰色（z=15）绘制前1000条记录，以此类推 -
其次，可以为每个数据集调整几何形状。在这个例子中，我修改了
crest和bezier半径纯度的值 -
最后，颜色和厚度可以有效帮助数据分层。通常用浅色细线绘制
z值较低的link
image.png
4. link rules - Part I
rules 是 <plot> 或 <link> 块中特殊的块，它根据位置、值、格式或者与数据有关的任何其他属性
一般格式是
# for 2D plots
<plots>
<plot>
<rules>
<rule>
...
</rule>
</rules>
</plot>
</plots>
# for links
<links>
<link>
<rules>
<rule>
...
</rule>
</rules>
</link>
</links>
每个 <link> 块可以有一个关联的 <rules> 块，该块又包含一个或多个 <rule> 块。每个 <rule> 块都包含一个测试条件和格式参数。
当 link 通过测试条件，rule 块中的格式化参数将会应用于该 link
数据点被独立测试
rule 将独立应用于每个数据点。数据点可以是高亮显示、直方图，散点图或连接。
当 rule 被应用到一个数据点时，你可以访问数据点的属性，但是不能访问其他数据点。也就是说，没有直接的机制能够反问邻接数据点，但是你可以通过将一个 prev 和 next 参数与数据点关联起来
hs1 0 9 0.25 next=0.5
hs1 10 19 0.5 prev=0.25,next=0.75
hs1 20 29 0.75 prev=0.5,next=1.00
...
rule 语法
每个 rule 必须包含一个 condition 参数，用于测试每个数据点
4.1 rule 条件
条件的格式是 perl 代码，会被自动执行而不需要显式使用 eval() 函数。
可以使用一些辅助函数来简化对多个参数的测试（如 between）。你可以在条件表达式中任何数值后面加上 kb、mb 或 gb 表示碱基对乘子
有些特定的关键字在运行时被解析，例如 var(FIELD) 函数可以访问单个数据点的属性，其中 FIELD 可以是：
-
CHRn：link中跨度n的染色体号(e.g. var(chr1)) -
STARTn：跨度n的起始位置 (e.g. var(start2)) -
ENDn：跨度n的终止位置(e.g. var(end2)) -
POSn：跨度n的中间位置 (e.g. var(position1)) -
SIZEn：跨度n的大小(e.g. var(size1)) -
REVn：如果link末端位置倒序返回1(e.g. start > end) -
INV：如果link是颠倒的，返回1（两个末端只有一个发生颠倒） -
INTERCHR：如果link末端在不同染色体上返回1，否则返回0(e.g. var(interchr)) -
INTRACHR：如果link末端在相同染色体上返回1，否则返回0(e.g. var(intrachr))
上述所说的跨度 n，表示连接的起始点和终止点，即 n=1(起始) 或 n=2(终止)
数字后缀仅应用于 link，并测试 link 的开始和结束，与单个坐标范围相关联的数据类型不使用数字后缀（eg,start）
condition = var(chr1) eq "hs1" # link starts on hs1
condition = var(size1) < 1mb # link start span is shorter than 1Mb
condition = 1 # always true for any link
4.2 条件测试
规则按以下顺序应用：
-
首先，任何包含
importance参数的规则，按照importance降序方式排序 -
其次，任何不包含
importance参数的规则，按照出现顺序排序。importance参数允许你对规则优先级进行排序，而不必移动它们
当规则通过测试时，它将应用于数据点，此时，规则链是否终止，取决于 flow 参数
默认情况下，通过第一条规则便终止规则链，当规则失败时，将在数据点上测试下一个规则。直到通过规则测试或者规则都测试完毕为止
规则级联
默认情况下，当通过规则，将终止规则链
<rule>
# if this rule passes
</rule>
<rule>
# all subsequent rules are not tested
</rule>
可以通过设置 flow 参数来更改此行为。如果 flow=continue，那么通过的规则不再使用级联短路。后续规则将被测试
<rule>
...
flow = continue # if this rule passes, continue testing
</rule>
flow 参数可以有四个不同的值
# continue testing
flow = continue { if true|false }
# continue testing, but start at top of rule chain
flow = restart { if true|false }
# stop testing
flow = stop { if true|false }
# goto rule associated with tag=TAG
flow = goto TAG { if true|false }
你可以有多个 flow 参数以满足不同的情况
<rule>
...
flow = stop if false
flow = goto otherrule if true
</rule>
<rule>
tag = otherrule
...
</rule>
如果存在 flow 指令，则规则可能缺少条件，你可以使用以下方法短路所有规则
<rule>
flow = stop
</rule>
使用 goto 跳过不想测试的规则
<rule>
flow = goto myrule
</rule>
... rules you don't want to use
<rule>
tag = myrule
...
</rule>
规则示例
下面是个简单的例子
<link>
<link>
file = data/5/segdup.txt
<rules>
<rule>
condition = var(intrachr)
show = no
</rule>
<rule>
condition = between(hs1,hs2)
color = green
z = 10
flow = continue
</rule>
<rule>
condition = between(hs2,hs3)
color = blue
thickness = 2
z = 15
</rule>
</rules>
</link>
</links>
-
第一条规则是当
var(intrachr)为true时，通过设置show=no来关闭染色体link的显示 -
第二条规则，将
hs1和hs2之间的所有link变为绿色，并将它们绘制在其他link的顶部。flow = continue参数将测试后面的规则 -
最后一条规则，将
hs2和hs3之间的link涂成蓝色，使其更厚，并进一步增加z值
image.png
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