ggplot2定义了一套非常好用的画图语法系统，特别适合进行科研绘图，下面就来画下常见的气泡图和类似热图的tile图。

1.示例数据

rm(list = ls())
rt <- matrix(rnorm(36,200,sd=2),nrow = 6,
             dimnames = list(paste0("gene",1:6),
                             paste0("sample",1:6)))
library(tidyverse)
library(reshape2)
library(ggsci)
rt1 <- melt(rt)
names(rt1) <- c("gene","sample","value")
head(rt1)

2.气泡图

ggplot(rt1,aes(sample,gene,size=value,color=value))+
  geom_point()+
  scale_color_viridis_c(option = "C",guide="none")+
  theme_bw()

气泡图的要点是对size和value进行赋值。

3.类似热图（tile）

ggplot(rt1,aes(sample,gene,fill=value))+
  geom_tile(aes(size=value),color="white")+
  scale_fill_viridis_c(option = "C")+
  theme_bw()

用geom_tile()函数画出的块状图，跟热图比较类似，主要参数仍然是对size、color等进行赋值。

参考链接：
Visualizing Multivariate Categorical Data