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复现SCI文章多序列比对相似性表格(二)—DNA序列相似性

复现SCI文章多序列比对相似性表格(二)—DNA序列相似性

作者: 生信交流平台 | 来源:发表于2022-12-20 11:18 被阅读0次

前面通过视频给大家介绍一下我们要复现的内容

复现SCI文章多序列比对相似性表格(一)

就是下面这篇文章的Table2


表格如下,一共有23种不同的肝炎病毒株


表格中,右上三角是23种病毒株的DNA序列,两两之间的序列相似性。左下三角是23种病毒株的氨基酸序列,两两之间的序列相似性。

今天我们先来计算,DNA序列两两之间的序列相似性。

1)数据获取这里文章的表格中已经给出了23个病毒株的ID号,在表格的行名中。直接贴到NCBI数据库就可以下载相应的DNA序列和氨基酸序列。

2)计算DNA序列两两之间的序列相似性,这里有23种病毒株,所以需要计算253次。

最终我们可以得到下面这个DNA序列两两之间的相似性


获取完整数据+R代码+详细注释

今天的分享就先到这里,希望对大家的科研有所帮助。

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