「R-Plugin」QTLseqr GUI Wrapper: V

写在前面

Emmm，毕竟是三天假期嘛，过去很长一段时间积累的一些特性和功能，拿出几个打打GUI，顺便与大伙一同分享，或许还是有点意义。为此，一套组合拳过去，咱们已经更新了 6 个推文（含一个完整已发表BSAseq项目的教程长文 - 正在跑数据）。
早晨过来，发现水壶的电似乎断了，没温水，早餐就先没得吃了。没早餐吃，就没心思干活。
想来想去，不如把昨晚发的朋友圈配图相应教程写一些。

图中实际数据，来源于我大学同学张开京硕博期间的已发表工作。

这个工作很不错，也一下就能重现。前面我给研究生师弟师妹们上课的时候，也用的他的这组数据。我是从 NCBI SRA 数据库中下载的。他的定位结果如下，

使用「QTLseqr GUI Wrapper」

首先是安装这个插件，注意到，作为一个 R-Plugin，那么在 TBtools 里面，他是依赖于 Rsever.plugin 的。如果你没有安装 Rserver.Plugin，那就到插件商店下载，随后 Install Plugin 即可。

一旦安装了 R-Plugin，后面就可以「为所欲为」。
对于「QTLseqr GUI Wrapper」，你需要做的与其他插件类似，获得这个「Plugin」之后，直接 Install Plugin 就可以了（PS: Windows 和 MacOS 插件分开）。直接安装就可以使用了，不再需要以前的MetaPackage注入。

安装完成，打开界面如下

使用简单，我们直接用前面重测序软件「三兄弟」教程出来的 .vcf 文件。

将这个文件拖拽放置进去，会自动弹出窗口。参考对应样品名字，我一般是直接 cp

设置一下输出目录
点击「Start」摁钮即可。

这个过程需要 2~3 min，毕竟还是有一些位点。输出结果如下

其中，文件信息不同：

1. TBtools_QTLseqR_SNP.table，这个文件不用看，主要是做了格式转换
2. nSNPs.pdf，这个PDF可视化了SNP在全基因组水平的密度信息
3. Gprime.pdf，这个PDF可视化了全基因组水平 G' value 的计算结果，具体可参考「QTLseqr」的文稿
4. deltaSNP.pdf，这个大伙最喜欢...delta SNPindex, 不做说明
5. negLog10Pval.pdf，全基因组水平的滑窗 pvalue 可视化
6. TBtools_QTLseqR_BSA_QTL.csv，这个表格重要！详细记录了具体可能的QTLs信息
   整体结果如下
   
   
   
   
   Emmm，看结果，咱们过滤的还是狠了一点，不过影响不大。狠一点好。不过整体上，咱们基本可以判断，大概在 Chr03的38Mb前后，参考表格来就行了。对照一下发表的文稿
   
   恩，还是准确。考量到，咱们只抽了20M的PE Reads，而实际上原文测了 70M 的PE Reads，这个示例数据没有那么精确，那么也合情合理。按照前一个推文的经验，其实20MPE两个样品要24小时，70M，大概就要跑 3 天了。当然你有更好的PC就不好说了（毕竟我的是 2016年1w块的组装机器）。除了比对，剩下的，都不是问题，可以很快完成。若是用上完整数据集，结果直接看开篇的图即是。测序深度还是重要，可能混池个体每个只覆盖到1X可能还是少了点，但也不是不可以，对吧。哈哈
   注意到，其中「Target Chr」是有用处的。因为有一些物种的染色体组装结果太碎了，我们可以参考刚才的弹出窗口信息，只做指定的 Chr 的 QTLs 检测（比如只看 Chr 水平的，Scaffold 和 Contig 水平的就不看）。此处，咱们只检测 3 个Chr，包括 Chr03。
   
   看看效果
   
   
   
   

写在最后

整完收工。做你觉得对的事情，尽管有些人看不上，有人不认可，还有一些人阻拦。
很多问题，不用急于回复；
时间会给出答案。