cellchat总的来说不难。有几个问题要注意一下。安装报错和 Seurat或SingleCellExperiment对象创建CellChat对象。

cellchat-与其他单细胞分析工具的接口 - 简书 (jianshu.com)

从Seurat V3对象中提取CellChat输入文件
可以从Seurat对象获得归一化的计数数据和细胞组信息，方法是：

data.input <- GetAssayData(seurat_object, assay = "RNA", slot = "data") # normalized data matrix
labels <- Idents(seurat_object)
meta <- data.frame(group = labels, row.names = names(labels)) # create a dataframe of the cell labels

【王兴国营养特训班】第5期第11课7组虞文施
细胞通讯和分化、干细胞、细胞衰老和死亡、癌细胞细胞通讯细胞通讯的方式：直接通讯：间隙连接、膜表面分子接触通讯、...
构建单细胞亚群网络（类似于细胞通讯分析）
最近一直在这里细胞通讯分析相关软件工具及原理，看到不同细胞亚群的网络图，就以为是细胞通讯分析。细胞通讯分析在肿瘤...
10X单细胞之细胞通讯篇章-----Connectome
今天我们来分享一篇关于细胞通讯的文章，其实关于细胞通讯我分享的就已经很多了，不知道大家对10X单细胞做细胞通讯有了...
【细胞通讯】LIANA
最近，其实我已经推荐了很多不同的细胞通讯的方法和工具，目前大多数的细胞通讯网络推理方法都是基于单细胞转录组数据。也...
【细胞通讯】italk
今天继续分享细胞通讯相关的另一个tool，italk。iTALK这个包的应用比较简单，可以自定义定制的配体-受体数...
【细胞通讯】CellChat
前面关于细胞通讯的理论学习提到过，邻接型的传递主要包含我们所熟知的神经信号传递和抗原呈递，主要是细胞表明配体-受体...
【细胞通讯】CellTalk
在多细胞生物体中，细胞间的通讯通常涉及分泌的配体-受体(LR)相互作用，这对各种生物现象都是是至关重要的。单细胞...
【细胞通讯】CellPhone
今天分享一篇关于分析细胞通讯的，发表于2020年nature protocols的相关文章。 CellPhoneD...
【细胞通讯】italk
今天继续分享细胞通讯相关的另一个tool，italk。iTALK这个包的应用比较简单，可以自定义定制的配体-受体数...
【细胞通讯】CellCall
今天的分享是做细胞通讯的另外一种方法---cellcall，文章发表在Nucleic Acids Research...