GO分析用气泡图展示，数据结构如下：
数据结构
主要使用到的是Classification, Ratio, log2Pvalue 和 Stage四列。代码如下：
setwd("...")
library(ggplot2)
#读入文件，以tab分隔，否则会由于空格出现报错
go=read.table("GO-All2.txt",header=T,sep="\t")
head(go)
gop=ggplot(go,aes(x=Ratio,y=Total))+
geom_point(aes(size=log2Pvalue,color=Classification),alpha=0.5)+
theme_get()+
labs(x="log2Ratio",
y="Gene numbers",
size="-log2(adj P-value)",
color="Classification")+
#这里scale用“free”,则不固定所有x,y的坐标值，每行和每列单独取值
facet_grid(Stage~Classification, scale="free")
gop
原始结果
用AI打开PDF，手动添加部分气泡的标注：
最终结果
最后导出为300 dpi以上的tif文件即可。
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