【R语言】绘制GO富集分析弦图

前面给大家讲解过GO和KEGG富集分析，以及柱形图和气泡图展示富集分析结果。

☞ GO和KEGG富集分析视频讲解

☞ DAVID进行GO/KEGG富集分析及结果可视化

也给大家介绍了

☞ circleplot展示GO富集分析结果

☞ 【实战】circleplot展示GO富集分析结果—附R代码

☞ 【R语言】circleplot展示KEGG富集分析结果

上一期我们通过视频给大家讲解了，GO富集分析弦图怎么看。

☞GO富集分析弦图怎么看

今天我们来给大家讲解一下，GO富集分析弦图怎么绘制。

#如果还没有安装GOplot这个包，先运行下面一行进行安装
#如果已经安装，跳过下一行
BiocManager::install("GOplot")

#加载GOplot
library(GOplot)

#加载测试数据
data(EC)
#创建circ对象，EC$david为富集分析结果
#EC$genelist为差异表达分析结果
circ <- circle_dat(EC$david, EC$genelist)

#常见chord对象，EC$genes为需要展示的基因包含FC
#EC$process为需要展示的GO条目
chord <- chord_dat(circ, EC$genes, EC$process)

#创建pdf文件，保存弦图
pdf("chord_demo.pdf",height = 14,width = 13)
#绘制弦图
GOChord(chord,   #chord对象
        space = 0.02,  #右侧色块之间的间距
        gene.order = 'logFC',   #基因展示顺序根据logFC来
        gene.space = 0.25,  #基因名字和色块之间的距离
        gene.size = 5  #基因名字大小
        )
dev.off()

通过运行上面的代码，我们可以得到下面这张弦图

绘制这张图的关键，是需要将你的数据整理成这里需要的格式，包括四部分内容。

1. GO富集分析的结果

可以参考往期内容获取GO富集分析结果

☞ GO和KEGG富集分析视频讲解

☞ DAVID进行GO/KEGG富集分析及结果可视化

2. 差异表达分析结果

TCGA数据差异表达分析可以参考

☞ R代码TCGA差异表达分析

☞ 零代码TCGA差异表达分析

GEO中数据差异表达分析可以参考

☞ 零代码差异表达分析工具：GEO2R

☞ GEO芯片数据差异表达分析

3. 需要展示的基因名字可以直接从差异表达分析结果中根据p.adj和logFC来进行挑选，当然也可以根据自己的兴趣来挑选。

4.需要展示的GO条目

可以从GO富集分析结果中，根据FDR来挑选，当然也可以根据自己的需求来挑选。

赶紧拿自己的数据试试吧！

【R语言】绘制GO富集分析弦图