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根据列表文件替换文档

根据列表文件替换文档

作者: 王梓维 | 来源:发表于2021-06-08 19:53 被阅读0次

想根据列表给fasta文件改名字, 但是搜索不到有这个功能的软件, 只好自己写一个
list文件的格式是用tab分割的两列列表,这里是change.list.txt:

A  B
C  D
E  F

要改变的文档格式没限制,只要是文本文档就行, 这里是file.fas
效果就是把所有A字符串替换成B字符串, 把所有C字符串替换成D字符串

import pandas as pd

listname = "D:/BioEdit/change.list.txt" ##list文件

list =  pd.read_csv(listname,sep='\t',header=None)

list_dic = {}
for index, row in list.iterrows():
    list_dic[row[0]] = row[1]

filename = "D:/BioEdit/file.fas"  ##文本文件
newfasta = filename + ".rename"

f = open(newfasta , "a")

with open (filename) as fasta:
    for line in fasta.readlines():
        for k, v in list_dic.items():
            line = line.replace(k, v)
        f.write(line)

f.close()

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