美文网首页
根据列表文件替换文档

根据列表文件替换文档

作者: 王梓维 | 来源:发表于2021-06-08 19:53 被阅读0次

    想根据列表给fasta文件改名字, 但是搜索不到有这个功能的软件, 只好自己写一个
    list文件的格式是用tab分割的两列列表,这里是change.list.txt:

    A  B
    C  D
    E  F
    

    要改变的文档格式没限制,只要是文本文档就行, 这里是file.fas
    效果就是把所有A字符串替换成B字符串, 把所有C字符串替换成D字符串

    import pandas as pd
    
    listname = "D:/BioEdit/change.list.txt" ##list文件
    
    list =  pd.read_csv(listname,sep='\t',header=None)
    
    list_dic = {}
    for index, row in list.iterrows():
        list_dic[row[0]] = row[1]
    
    filename = "D:/BioEdit/file.fas"  ##文本文件
    newfasta = filename + ".rename"
    
    f = open(newfasta , "a")
    
    with open (filename) as fasta:
        for line in fasta.readlines():
            for k, v in list_dic.items():
                line = line.replace(k, v)
            f.write(line)
    
    f.close()
    

    相关文章

      网友评论

          本文标题:根据列表文件替换文档

          本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/devjeltx.html