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工具:Anaconda软件管理工具

工具:Anaconda软件管理工具

作者: 生信学习者2 | 来源:发表于2020-10-02 12:38 被阅读0次

    Python渐渐成为最流行的编程语言之一,在数据分析、机器学习和深度学习等方向Python语言更是主流。Python的版本比较多,并且它的库也非常广泛,同时库和库之间存在很多依赖关系,所以在库的安装和版本的管理上很麻烦。Conda是一个管理版本和Python环境的工具,它使用起来非常容易。更多知识分享请到 https://zouhua.top/

    命令集合

    类别 功能 命令
    anaconda 集群登陆 conda install anaconda-client anaconda login
    conda环境管理 查看所有环境 conda info -e
    新建环境 conda create --name py35 python=3.5
    使用自己环境 source activate name conda deactivate
    使用他人环境 source activate /anaconda3/envs/name conda deactivate
    使用它人base环境 source anaconda/etc/profile.d/conda.sh source activate base conda deactivate
    删除环境 conda remove --name py35 --all
    库管理 查看已安装包 conda list
    查看某环境下已安装包 conda list -n py35
    搜索包 conda search numpy
    安装包 conda install module1 module2
    安装包到指定环境 conda install -n py35 module=version
    更新所有包 conda update --all
    更新包 conda update package
    卸载包 conda remove package
    卸载某个环境包 conda remove -n py35 package
    特殊安装包 包安装失败情况下 conda install --override-channels -c https://metachannel.conda-forge.org/defaults,bioconda,conda-forge/picrust2,--max-build-no picrust2

    conda打包软件

    1. build.sh:编译软件需要运行的代码

    2. meta.yaml:描述软件以及提供依赖环境等

      参数类别 参数 含义 实列
      包描述 name 包名 name: package1
      version 版本 version: {{version}}
      包来源 url/git_url/hg_url tar.gz文件地址 url: package1.{{version}}.tar.gz
      md5/sha1/sha256 文件的唯一识别码 md5: md2sum
      path 文件来自本地相对路径 path: ../src
      folder 指定目录放置文件源 folder: my-destination/folder
      建立包 number 建立次数默认是0 number: 0
      script 代替build.sh。建立包
      依赖包 build 包安装的依赖工具(tools) build: - git - cmake
      host
      run 包安装的依赖项(dependencies) run: - numpy 1.4

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