今天又学习了一个新的方法，如果群体结构很不OK。我们可以怎么办呢？
很简单：
plink --bfile ME_update_map --pca 5 --out pca_ME_update_map
我们就可以在输出文件中找到PCA之后的结果。
在.vec文件中，我们可以得到每个个体需要的协变量，放到模型当中去，先把beta值算出来，在y值上减去。
在.val文件中，数值的大小代表每个PC影响的大小。
一些其他R中的解决方法：
找一列中的重复：
which(duplicated(pcaff$V2))
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用GCTA计算PCA特别郁闷，总是到最后一步报错：不能处理多个grm文件，还好plink计算没出问题。 cd .....
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当我们进行群体分析时，获得vcf文件后，可以根据变异位点对这些样本进行PCA分析，现简单介绍 1、软件安装 2、简...
Proportion of Variance 计算方法：PoV <- pca$sdev2/sum(pca$sdev...
LD(连锁不平衡):计算使用plink,FST(遗传分化指数):计算使用vcftools,可视化分为箱线图和散点图...
vcftools --vcf my.vcf --plink --out plink plink--noweb--f...
首选选择要计算的区域，这里我选择候选位点上下游1M的区域 用plink计算D‘
1、测试数据下载 链接：https://pan.baidu.com/s/1EfffExvtxZYI1QLuxUZQ...
本文标题：plink 计算PCA
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