plink 计算PCA

今天又学习了一个新的方法，如果群体结构很不OK。我们可以怎么办呢？
很简单：

plink --bfile ME_update_map --pca 5 --out pca_ME_update_map

我们就可以在输出文件中找到PCA之后的结果。
在.vec文件中，我们可以得到每个个体需要的协变量，放到模型当中去，先把beta值算出来，在y值上减去。
在.val文件中，数值的大小代表每个PC影响的大小。

一些其他R中的解决方法：
找一列中的重复：

which(duplicated(pcaff$V2))