水稻

本身也不做水稻，一直感觉很复杂。今天就稍微认识一下水稻品种，因为不知道哪个是哪个，所以就无法download需要的水稻基因组和基因组注释文件。手上有个水稻转录组数据尝试分析一下，稍微了解一下。

1.Rice Etymology——词源

作为一名词源爱好者，了解一个名词，最开始还是得去搜索这个词最初的起源。推荐权威的在线词源字典etymonline，对于英语专业和我们科研工作者都是很不错的选择。

非常漂亮的首页

"rice"，首次在英语中使用是在13世纪中叶，"rice"来源于古法语ris，ris又来源与意大利语riso，来源于拉丁语oriza，oriza又来源于希腊语oruza。希腊词又是所有欧洲词的来源。但是，希腊词的来源就不是很清楚了，专家学者各持己见。

2. 稻属基因组

进入ENSEMBL Plantgenome，发现好多水稻品种，一脸懵逼，我这个外行有时候连粳稻（Oryza japonica）和籼稻（Oryza indica）都是搞不清楚，总是会混淆交叉，一个说成另一个。可以进行Google，了解这些到底是什么水稻。

• Oryza sativa japonica是亚洲稻的一个栽培种，也称其为粳稻。
  readme文本信息
• oryza_indica是籼稻，亚洲稻的一个亚种。
• Oryza_glaberrima是非洲稻。
• Oryza_rufipogon是野生稻，与亚洲稻在进化上关系比较紧密，被美国列为入侵种，会与栽培稻竞争养分。
• Oryza_barthii，也叫非洲野生稻，是非洲稻的祖先。
• Oryza_brachyantha，与亚洲稻进化关系较远，全基因组测序在2013年完成，也已经被列为濒危物种。
• Oryza_longistaminata，一般生长在撒哈拉以南非洲地区和马达加斯加岛，引入美国后，一般被认为是杂草。其拥有的抗性基因Xa21能够使栽培稻提高对百叶枯病的抗性。
• Oryza punctata，非洲斑点野生稻，生长在热带非洲、南非和马达加斯加。
• Oryza meridionalis，澳大利亚野生稻，已经被列为濒危物种。
• Oryza nivara，亚洲稻的祖先，现在也被列为濒危物种。
• Oryza glumaepatula，生长在亚马逊泛洪区域，也是一种野生稻。

好几种野生稻已经都被收入在受威胁植物红色名单。网站：http://www.iucnredlist.org/。

image.png 水稻基因组

3.粳稻基因组和基因组注释文件下载。

# 我的下载目录是os34，随自己创建新目录，下载12条染色体序列
for ((i=1;i<=12;i++)); do wget ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-38/fasta/oryza_sativa/dna/Oryza_sativa.IRGSP-1.0.dna.chromosome.1.fa.gz; done
# 下载注释文件
wget ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-38/gff3/oryza_sativa/Oryza_sativa.IRGSP-1.0.38.gff3.gz
# 解压所有包
gunzip *

总算是稍微了解了一点，不容易。一直觉得稻属特别的复杂，继续了解了解，以上基因组测序完成的物种，相关信息可以点蓝色的物种名，已经链接了英文维基百科和相关网站及相关文献。有错误请各位批评指正，仅仅是自己了解的一些内容。