PhyML建树

使用musle进行多序列比对，也可以建树。用Phyml可对比对结果建树。

phyml
文章：New algorithms and methods to estimate maximum-likelihood phylogenies: assessing the performance of PhyML 3.0
杂志：systematic biology
时间：2010
引用：13086

muscle
网页：https://www.drive5.com/muscle/
文章1：MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput. Nucleic Acids Res. 2004
引用：35967
文章2：MUSCLE: a multiple sequence alignment method with reduced time and space complexity. BMC Bioinformatics. 2004
引用：7196
muscle适合多条序列比对，基因/蛋白序列比对，NJ UPGMA建树

mugsy
文章：Mugsy: fast multiple alignment of closely related whole genomes
中文：多个近缘全基因组快速对齐
杂志：Bioinformatics
时间：2011
引用：443

mauve
标题：Mauve: multiple alignment of conserved genomic sequence with rearrangements
中文：保守基因组序列重排多重比对
杂志：GENOME RESEARCH
时间：2004
引用：3459

升级版：
progressiveMauve: Multiple Genome Alignment with Gene Gain, Loss and Rearrangement. plos one 2010
引用：3133

安装mugsy muscle phyml

conda create -n phyml
conda activate phyml
conda install -c bioconda phyml
phyml --version
# This is PhyML version 3.3.20200621
conda install muscle
muscle --version
# MUSCLE v3.8.1551
#conda install mugsy
conda install progressivemauve

参考：
生信软件：phyml
构建系统发生树之软件集锦
使用muscle进行多序列比对
multiple whole genome alignment
Mafft--用于多序列比对
Phylogenomics