grep 提取匹配行及符合匹配条件的前后行

我们都知道fastaq文件都是四行一组，第一行为header，第二行为序列，第三行为一个'+'，第四行为质量值。

wukong@wukong-System-Product-Name:~/share/script$ wc -l HRBC41.fq
2676756 HRBC41.fq
wukong@wukong-System-Product-Name:~/share/script$ less -S HRBC41.fq
@1CWV8:00526:07327
TCTGTACGGTGACAAGGCGTACGTAACTAAAGGATCTCTAGCTGTGCAGGATGCAAACTTCTCGGGGTCAGTGACTGCCTCCTGCCCCTGTTGGTCCCTAGGCAGTGGGGGCAGAAGCTCCCAGCTGACCTGTTTCTCTGGGATGAGAGGTAGGAGAGACATTTAAGGTTCCTT
+
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@1CWV8:05195:10636
TCTGTACGGTGACAAGGCGTACGTAACTACGAACTTGACACAGTACAGCCCAGGAAATGCCTTCCTGCCCTCTCCTCATCCCATCCCTGGGCAGGGGACATGCAACTGTCTACAAGGTACCAAGTTCCAGGTGGACAAAGTCATACGTA
+
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@1CWV8:02551:06637
TCTGTACGGTGACAAGGCGTACGTAACTCCAAAGCAAACTCAGTCCCCCTTATCGGAAATGAACAGCATTTGAAGCTTCACCAGACAGACCAGACAGCTTAGCCCTCGTGTTGTGCCATGTGGGTTGTTCTCTGAGAGGTAGGAGAGACATTTAAGGTTCCTTTCATACGTA
+
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@1CWV8:08552:01560
TCTGTACGGTGACAAGGCGTACGTAACTCAGCAAGAACGTCAGTACGATTAAGCTCTAAACACTTGTTAGGAAGCAGGACTGGCATTTGAAACAAACAGCTCTTTTCCCACAGGTCGGATGCCCTCACAGAATTGAGATTATGTACGTAAAACACCAGGTGCCTAACCCGGCAC
+
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...

现在要求将一个fastaq文件中含有序列‘TCTGTACGGTGACAA’的信息提取出来，包括header、序列、+以及质量值，我们可以使用grep命令提取匹配行及符合匹配条件的前后行。

wukong@wukong-System-Product-Name:~/share/script$ grep -A 2 -B 1 TCTGTACGGTGACAA HRBC41.fq > TCTGTACGGTGACAA.fq
wukong@wukong-System-Product-Name:~/share/script$ ls -hl TCTGTACGGTGACAA.fq
-rw-rw-r-- 1 wukong wukong 201M 2月  21 10:29 TCTGTACGGTGACAA.fq
wukong@wukong-System-Product-Name:~/share/script$ wc -l TCTGTACGGTGACAA.fq
2630766 TCTGTACGGTGACAA.fq
wukong@wukong-System-Product-Name:~/share/script$ head TCTGTACGGTGACAA.fq
@1CWV8:00526:07327
TCTGTACGGTGACAAGGCGTACGTAACTAAAGGATCTCTAGCTGTGCAGGATGCAAACTTCTCGGGGTCAGTGACTGCCTCCTGCCCCTGTTGGTCCCTAGGCAGTGGGGGCAGAAGCTCCCAGCTGACCTGTTTCTCTGGGATGAGAGGTAGGAGAGACATTTAAGGTTCCTTTCATACGTA
+
9>=<=>>>9===<?9>8=<=<==<<9@<<;4:5;<A<><;;<<=@A<<<6:55557*7<7==>=>?7==>>>====<=7<<6;;;??06586;6;==8===9=>=>=>>>3<<<=5;<===7=<<><=@9<<<@8<<;888+56=:;:<8===6<;?<::888076:6;4:2::1:;;:777<
@1CWV8:05195:10636
TCTGTACGGTGACAAGGCGTACGTAACTACGAACTTGACACAGTACAGCCCAGGAAATGCCTTCCTGCCCTCTCCTCATCCCATCCCTGGGCAGGGGACATGCAACTGTCTACAAGGTACCAAGTTCCAGGTGGACAAAGTCATACGTA
+
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@1CWV8:02551:06637
TCTGTACGGTGACAAGGCGTACGTAACTCCAAAGCAAACTCAGTCCCCCTTATCGGAAATGAACAGCATTTGAAGCTTCACCAGACAGACCAGACAGCTTAGCCCTCGTGTTGTGCCATGTGGGTTGTTCTCTGAGAGGTAGGAGAGACATTTAAGGTTCCTTTCATACGTA