其实接触Linux已经很久了，最开始是看到《鸟哥的私房菜》一书，那还是2016年的时候，实验室一个做生信的师弟推荐的。那个时候心里有学生信的念头，但是平时除了上课还要做实验，加上又没特别的需求，所以坚持看了没有几章的书就放弃了。那本书从最开始借的，到下载了电子版，甚至后来还买了纸质版，但都没有坚持下来。一方面书籍有些晦涩难懂，感觉不是站在一个初学者的角度写的，另外自己天生对这种纯文本的东西不是那么感冒。
最近，由于使用学校的服务器需要考试，不得不加紧时间学习linux的基础，搜索网站时看到了基因课上的视频课程，感觉更直接有目的性，而且理论实操一起上，所以决定尽快由这套材料上手。边看边练，边学边总结，争取尽快上手。
1. 课程链接：生物信息入门之 Linux
2. 本次内容
- 文件创建、删除、修改、查看；压缩、打包。
3. 准备工作
3.1 Linux系统介绍
- 个人电脑市场以Windows为主，但服务器市场则是Linux系统的天下。
- Linux特点：开源，免费，稳定，命令行模式。
- 服务器：可理解为一台配制更强大、运行更厉害的大型不关机电脑。
- 操作系统与电脑： Hardware-Operate system-Application-Users
- 版本：Ubuntu优先，其次Centos，两者区别在于软件安装方式不同。
3.2. 从windows远程登录
下载putty，输入ip地址，用户名和密码，即可登录。
远程登录
3.3. 安装Linux虚拟机
- 准备工作1：下载Virtualbox并安装。
- 准备工作2：Linux安装镜像文件（elementery OS）官网下载。
- 从Virtualbox中安装：
4. 基本操作
4.1 修改密码
修改密码
- 命令提示符格式： 用户名@服务器名：当前目录$
- 修改密码的命令行：passwd-回车，依次输入旧密码，新密码，确认新密码，成功。
- 清空屏幕快捷键：Ctrl + L。
- 退出session：exit。
4.2 准备测试数据
git clone https://git.coding.net/zhangxudong/GenekTV_Linux.git #输入命令行下载数据
4.3 切换文件夹
切换文件夹
- 打印当前路径：pwd
- Linux不同于windows系统下的每个盘，Linux文件系统是一个树状的目录结构。
- 各种符号含义：“/”：代表根目录；“”：代表登录后自己所在的目录，或者说是主目录，例如/home/zxd；“.”：代表当前目录；“..”：代表上一级目录。
- 跳到上一级目录：cd~或cd..。
- 绝对路径：从根目录（/）开始，例如/home$；相对路径：从.或..开始的，例如cd..。
4.4 查看文件列表
查看文件列表
- ls命令：查看当前路径下有哪些文件：但ls只能看文件名称；
- ls -l：添加-l选项可查看详细信息，具体格式包括：d（文件夹，-为文件）+ 用户和权限 + 文件大小 +修改时间；
- 一条命令的结构一般包括三部分，即命令（ls）+ 选项（-l）+ 参数（BioSoft/ncbi/）
- ls常用选项： -l：查看文件详细信息； -a：查看包含以.开头的隐藏文件 ；-h：以更易懂方式显示文件大小 ；-t：按修改时间排序。
- 查看帮助信息：ls--help；或者man ls。
4.5 历史命令、复制、自动补全
- 历史命令：通过上下键可选择查阅历史命令。
- 复制：使用了putty：选中即为复制，右键为粘贴；Mac：选中后Command + C/Command + V。
- 自动补全：输入几个字母后点击Tab自动补全；若出现多个文件，可再增加字符，匹配正确文件。
4.6 查看文件内容
查看文件内容
- 查看小文件：cat
- 查看大文件：less，仅显示部分内容，按q后退出，ctrl+C强制退出；选项-S为不换行，可进行整齐排列，可进行左右翻页。
- 首尾行：head/tail,默认为10行，可设置n，例如：head -n 2 + 文件名，为仅显示2行。
4.7 vim编辑文件内容
Vim编辑文件内容
- 打开文件：使用vi + 文件名，此时文件处于命令模式，
- 文件三种模式可切换，切换方式如上图；其中通过a，i，o可切换至输入模式，进行编辑；编辑完成后，Esc键至命令模式，通过：键切换至末行模式，w进行保存，q退出（wq可同时操作）。
- 命令模式下的快捷键：复制：光标至某行，yy；粘贴：p；复制2行：yy2；删除：光标处，dd；撤销：u；选取特定内容：v，上下左右选中内容后y复制，c剪贴，p粘贴。
4.8 文件拷贝、移动、删除
文件拷贝、移动、删除
- 创建文件夹：mkdir
- 拷贝：cp [-r] 源文件夹名称 + 目标文件夹名称/，巧用通配符 （所有带某种符号或片段的，例如，.gz）,文件夹时需要加r；
- 备份：cp -r data data.bak(新备份文件夹名称）
- 移动：mv 源文件名称 + 目标文件夹名称/
- 删除：rm [-r] 文件夹（-r递归命令）
- 链接：ln -s/源文件路径 文件[夹]，链接符号 ->
4.9 压缩和打包
压缩和打包
- 基因组文件压缩比较高，通过压缩后可大量节省空间；
- 常用压缩命令：gzip和bzip2，具体方法见上图，以gzip为例：压缩：gzip seq.fa；解压：gunzip seq.fa.gz;
- 打包：tar -cvf sequence.tar *； 解包： tar -xvf sequence.rar
- 通常压缩和打包是同时进行的，例如：
- gzip压缩打包：tar -zcvf sequence.tar.gz *；解压：tar -zxvf sequence.tar.gz *
- bzip2压缩打包：tar -jcvf sequence.tar.bz2 *；解压：tar -jxvf sequence.tar.bz2 *
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