perl 中的常用命令

perl 读和写文件

open(my $fh1, '<', $input_size1) or die "无法打开文件 '$input_size1' $!";

open my $output_fh1, ">", $out1 or die "无法打开文件：$!";

读入文件，每一行分割字段，并分配给不同变量：

sub read_qtl_data {

    my $file = shift;

    my %qtl_data;

    open my $fh, '<', $file or die "无法打开文件 $file: $!";

    while (<$fh>) {

        chomp;

        my ($chromosome, $start, $end) = split /\t/;

        push @{$qtl_data{$chromosome}}, [$start, $end];

    }

    close $fh;

    return %qtl_data;

}

open(my $fh1, '<', $input_size1) or die "无法打开文件 '$input_size1' $!";

my @QTL_sizes1;

while (my $line1 = <$fh1>) {

    chomp($line1);

    push @QTL_sizes1, $line1;

}

close($fh1);

将每行数据分割成数组，使用了 Perl 中的 split 函数。它将每行内容根据正则表达式 \s+ 进行分割，\s+ 表示一个或多个空白字符（空格、制表符等）。

my @data = split(/\s+/, $line);

scalar 是一个上下文操作符，用于获取列表或数组的大小或长度。当应用于数组时，它返回数组中元素的数量。

my $num_QTL1 = scalar @QTL_sizes1;

my $num_QTL2 = scalar @QTL_sizes2;

rand 是用于生成随机数的内置函数。它生成一个介于 0 到 1 之间的浮点数。如果想得到特定范围内的随机整数，可以使用 int 函数结合 rand。

my $start_position = int(rand($max_length - $QTL_size));

在文件中写入：

print       $output_fh1      "Number of overlapping QTLs: $overlap_count\n";

打印数组中的内容：

foreach my $qtl (@QTL_positions) {

        print $output_fh "QTL1 - Chromosome: $qtl->{chromosome}, Start: $qtl->{start}, End: $qtl->{end}, Size: $qtl->{size}\n";

    }

# $qtl->{start} 这个语法是用于访问哈希引用中特定键的值。在 Perl 中，$qtl 是一个哈希引用，->{start} 表示从这个哈希引用中获取名为 start 的键对应的值。