AlleleID 软件是一款可用于细菌鉴定，病原体检测以及物种鉴定的综合性桌面工具。通过以ClustalW为核心的多序列比对方法，AlleleID 可以设计用于物种鉴定/跨物种分析的基因芯片探针以及用于实时PCR的SYBR Green， TaqMan MGB， TaqMan 探针， 分子信标以及实时PCR引物。AlleleID 也支持检测可变剪切片段的基因芯片实验的设计。
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