《商君书》文字虽然不多，但内容庞杂，其中涉及经济、政治、军事、法治等等诸多重大问题，侧重记载了法家革新变法、重农重战、重刑少赏、排斥儒术等言论，主要反映了法家的政治思想。
革新变法是法家思想的精髓。《商君书》开篇第一章《更法》篇就详细记述了商鞅与甘龙、杜挚在秦孝公面前争论变法的问题。
秦孝公问：“今吾欲变法以治，更礼以教百姓，恐天下之议我也。”
商鞅回复：“且夫有高人之行者，固见负于世；有独知之虑者，必见骜于民。法者，所以爱民；礼者，所以便事。是以圣人苟可以强国，不法其故；苟可以利民，不循其礼。”
针对秦孝公怕变更法度、改革礼制受天下人非议的想法，商鞅说：“行动迟疑就不会有名，做事犹豫就不会成功。我劝君王还是赶快下决心变更法度吧，不要怕别人的批评议论。法度是爱护人民的，礼制是利于国事的。所以圣人治国，只要能使国家强盛，就不必沿用旧的法度；只要有利于人民，就不必遵守旧的礼制。”针对甘龙“因袭人民的旧礼俗去施行教化，不费什么事就能成功。依据旧法度治理国家，官吏既很熟悉，人民也能相安”的说法，商鞅说：“这都是俗人的言论。”
甘龙说：“圣人不易民而教，知法不变法而治。”
商鞅说：“三代不同礼而王，五霸不同法而霸。故知者作法，而愚者制焉；贤者更礼，而不肖者拘焉。”
夏、商、周三代的礼制不同，而都成就了王业；春秋时五霸的法度也不同，而都成就了霸业。所以聪明的人创造法度，而愚昧的人受法度的制裁；贤人改革礼制，而庸人受礼制的约束。我们不能和受礼制约束的人商讨大事，不能和法度制裁的人计议变法。针对杜挚“效法古人就没有错误，遵守旧礼就没有奸邪”的说法，商鞅说：“古代的政教不同，我们效法哪个古人？帝王不相因袭，我们拘守谁的礼制？礼制、法度要随着时代而制定，命令要符合实际的需要。所以我说，治理人民，并非一个方法；为国家谋利益，不必效法古人。”
“三代不同礼而王，五霸不同法而霸”，“治世不一道，便国不必法古”成为商鞅倡导变法的名言。《开塞》篇从考察人类社会发展的不同阶段入手，论证了战国末年只能实行法治，才是唯一可行的治国道路。“圣人不法古，不修今。法古则后于时，修今则塞于势”。从而说明只有变法革新，才能使国家富强兴盛。
商鞅所代表的法家另外一项重要举措就是，重农重战，反对空谈。《商君书》中有关重农重战的论述最多。如《农战》说：“国之所以兴者，农战也。”“国待农战而安，主待农战而尊。”《靳令》说：“农有余粮，使民以粟出官爵，官爵必以其力，则农不怠。”朝廷让人民拿剩余的粮食捐取官爵，农民就会卖力耕作。《算地》说：“故圣人之为国也，入令民以属农，出令民以计战。”国家富强的功效就在农战两项。《去强》说：“兴兵而伐，则武爵武任，必胜。按兵而农，粟爵粟任，则国富。”《垦令》篇还提出了20种督促人民耕垦土地的办法。如国家按统一标准征收地税，农民负担的地税就公平了，国君讲求信用，百官不敢作弊，农民就会积极耕种土地。可见重农重战是法家治国的根本大计。
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